More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2435 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  100 
 
 		 361 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  89.92 
 
 		 366 aa  627  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  84.49 
 
 		 369 aa  619  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  84.9 
 
 		 366 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  80.98 
 
 		 366 aa  548  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  80.98 
 
 		 366 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  80.69 
 
 		 366 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  79.26 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  79.26 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  79.26 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  79.26 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  76.45 
 
 		 361 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  80.4 
 
 		 360 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  75.9 
 
 		 360 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  77.56 
 
 		 360 aa  532  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  75.34 
 
 		 372 aa  526  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  54.78 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  57.58 
 
 		 355 aa  371  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  55.9 
 
 		 356 aa  367  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  54.49 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  50.71 
 
 		 356 aa  352  5e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  49.86 
 
 		 361 aa  350  2e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  50.43 
 
 		 355 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  50.43 
 
 		 362 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  50.43 
 
 		 362 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  50.43 
 
 		 362 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  50.43 
 
 		 355 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  50.42 
 
 		 356 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  50.14 
 
 		 353 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  53.41 
 
 		 357 aa  339  5e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  51.28 
 
 		 354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  51.28 
 
 		 354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  51.28 
 
 		 354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  52.41 
 
 		 350 aa  332  5e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  52.27 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  50.14 
 
 		 353 aa  319  6e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  43.68 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  42.47 
 
 		 372 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  43.59 
 
 		 356 aa  292  7e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  43.82 
 
 		 359 aa  289  5.0000000000000004e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  42.7 
 
 		 363 aa  289  6e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.73 
 
 		 356 aa  287  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  46 
 
 		 356 aa  284  1.0000000000000001e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  40.54 
 
 		 365 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  41.76 
 
 		 353 aa  273  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  47.37 
 
 		 356 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  47.09 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  43.41 
 
 		 363 aa  268  8.999999999999999e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  48.07 
 
 		 357 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  46.94 
 
 		 356 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  43.71 
 
 		 372 aa  265  1e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  48.18 
 
 		 357 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  45.15 
 
 		 356 aa  259  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  42.25 
 
 		 358 aa  256  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  44.38 
 
 		 362 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  45.58 
 
 		 356 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  45.58 
 
 		 356 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  45.58 
 
 		 356 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  43.49 
 
 		 363 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  43.49 
 
 		 363 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  44.82 
 
 		 356 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  38.83 
 
 		 354 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  37.46 
 
 		 362 aa  200  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  27.17 
 
 		 343 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  25.16 
 
 		 396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  29.65 
 
 		 360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  28.16 
 
 		 348 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  24.38 
 
 		 344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  25.44 
 
 		 348 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  23.46 
 
 		 357 aa  106  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  25.32 
 
 		 355 aa  106  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  25.32 
 
 		 355 aa  106  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  28.01 
 
 		 379 aa  105  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  29.58 
 
 		 357 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  29.9 
 
 		 357 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  26.86 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  24.68 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  26.81 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  25.36 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0858  protein of unknown function UPF0118  27.67 
 
 		 402 aa  103  7e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.640782  normal  0.206541 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  28.61 
 
 		 357 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  28.82 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  26.79 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1647  hypothetical protein  25.98 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0171139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  28.96 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  28.35 
 
 		 379 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  30.18 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0876555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>