More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2574 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 		 356 aa  692    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  57.14 
 
 		 357 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  57.76 
 
 		 357 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  56.66 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  49.13 
 
 		 356 aa  352  7e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  54.39 
 
 		 356 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  54.96 
 
 		 356 aa  349  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  51.43 
 
 		 372 aa  347  1e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  53.82 
 
 		 356 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  51.85 
 
 		 358 aa  345  6e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  47.71 
 
 		 358 aa  345  8.999999999999999e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  49.71 
 
 		 359 aa  338  8e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  51.73 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  53.54 
 
 		 356 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  53.54 
 
 		 356 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  48.7 
 
 		 365 aa  330  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  53.26 
 
 		 356 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  48.41 
 
 		 355 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  48.41 
 
 		 362 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  48.41 
 
 		 362 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  48.41 
 
 		 362 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  48.41 
 
 		 355 aa  325  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  48.41 
 
 		 353 aa  324  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  47.55 
 
 		 357 aa  323  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  47.83 
 
 		 356 aa  322  4e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  44.93 
 
 		 363 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  45.4 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  48.83 
 
 		 372 aa  316  4e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  46.86 
 
 		 356 aa  316  5e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  46.55 
 
 		 356 aa  312  5.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  47.01 
 
 		 357 aa  309  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  47.41 
 
 		 357 aa  308  8e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  47.84 
 
 		 354 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  46.61 
 
 		 356 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  54.67 
 
 		 356 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  47.43 
 
 		 355 aa  304  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  46.46 
 
 		 354 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  46.46 
 
 		 354 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  46.46 
 
 		 354 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  42.98 
 
 		 369 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  46.97 
 
 		 353 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  44.44 
 
 		 350 aa  299  5e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  48.86 
 
 		 362 aa  298  1e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  45.78 
 
 		 372 aa  297  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  44.19 
 
 		 360 aa  291  9e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  44.29 
 
 		 366 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  44.23 
 
 		 366 aa  289  4e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  43.73 
 
 		 366 aa  286  4e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  44.44 
 
 		 360 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  44.44 
 
 		 360 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  44.44 
 
 		 360 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  44.44 
 
 		 360 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  43.73 
 
 		 366 aa  285  7e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  44.6 
 
 		 360 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  42.86 
 
 		 361 aa  279  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  43.73 
 
 		 361 aa  278  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  44.01 
 
 		 361 aa  277  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  42.21 
 
 		 360 aa  276  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  43.26 
 
 		 366 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  40.68 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  47.95 
 
 		 363 aa  257  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  47.95 
 
 		 363 aa  257  2e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  34.53 
 
 		 362 aa  181  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3329  hypothetical protein  30.93 
 
 		 365 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63767  normal  0.12265 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  27.9 
 
 		 363 aa  129  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1351  permease  28.62 
 
 		 390 aa  129  8.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  27.36 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  27.74 
 
 		 343 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  27.3 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2435  hypothetical protein  27.3 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0853714  normal  0.0537169 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  31.13 
 
 		 357 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  31.58 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  25.88 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  29.66 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0876555 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  30.11 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1667  hypothetical protein  29.94 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.629251 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  25.47 
 
 		 396 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  27.67 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0742  protein of unknown function UPF0118  25.16 
 
 		 361 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  27.38 
 
 		 374 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1347  permease  26.52 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0428205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  25.94 
 
 		 355 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  23.55 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  25.94 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  25.94 
 
 		 355 aa  113  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  26.37 
 
 		 344 aa  113  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0400  hypothetical protein  27.3 
 
 		 357 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  24.76 
 
 		 348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1647  hypothetical protein  28.15 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0171139 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  26.4 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  25.46 
 
 		 369 aa  110  3e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  27.08 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>