More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1667 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1667  hypothetical protein  100 
 
 
357 aa  683    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.629251 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  99.44 
 
 
354 aa  672    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  96.92 
 
 
357 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0876555 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  92.44 
 
 
357 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  81.79 
 
 
357 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  80.67 
 
 
357 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  79.55 
 
 
357 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  70.11 
 
 
360 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36860  hypothetical protein  71.35 
 
 
368 aa  421  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  50 
 
 
363 aa  325  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  47.59 
 
 
388 aa  298  1e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  44.19 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0971  protein of unknown function UPF0118  48.43 
 
 
389 aa  267  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0710399 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0725  protein of unknown function UPF0118  44.41 
 
 
347 aa  257  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0808655  hitchhiker  0.000000275011 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0571  hypothetical protein  44.41 
 
 
347 aa  257  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2668  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  44 
 
 
665 aa  242  7e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1623  PerM family permease  41.84 
 
 
367 aa  241  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.134997 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1855  hypothetical protein  40.48 
 
 
368 aa  239  4e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0735664  normal  0.142574 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1648  hypothetical protein  46.69 
 
 
385 aa  228  1e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00424749  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1964  hypothetical protein  37.93 
 
 
378 aa  225  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1439  hypothetical protein  38.81 
 
 
366 aa  222  8e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0335022  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1718  permease  46.39 
 
 
385 aa  222  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0792158  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1056  hypothetical protein  42.28 
 
 
398 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3565  hypothetical protein  40.92 
 
 
356 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  39.08 
 
 
379 aa  216  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2453  protein of unknown function UPF0118  40.46 
 
 
356 aa  215  9e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.563612  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2250  permease  48.83 
 
 
368 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0555  protein of unknown function UPF0118  46.13 
 
 
364 aa  212  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0672  hypothetical protein  40.55 
 
 
353 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  39.83 
 
 
374 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2859  protein of unknown function UPF0118  39.31 
 
 
356 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262918  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0742  protein of unknown function UPF0118  38.14 
 
 
361 aa  209  5e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1096  protein of unknown function UPF0118  39.06 
 
 
374 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771823  hitchhiker  0.00624948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3329  hypothetical protein  43.26 
 
 
365 aa  207  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63767  normal  0.12265 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2339  protein of unknown function UPF0118  40.94 
 
 
370 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2065  hypothetical protein  40.94 
 
 
370 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.76219  normal  0.0900338 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1242  protein of unknown function UPF0118  38.42 
 
 
374 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  hitchhiker  0.00297495 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1300  hypothetical protein  40.96 
 
 
434 aa  203  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2624  ABC transporter permease  39.26 
 
 
356 aa  203  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.255995 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2435  hypothetical protein  38.16 
 
 
358 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0853714  normal  0.0537169 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3129  hypothetical protein  38.98 
 
 
418 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2536  hypothetical protein  38.87 
 
 
364 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  38.16 
 
 
375 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2488  hypothetical protein  36.86 
 
 
358 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.568242 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2025  protein of unknown function UPF0118  42.11 
 
 
370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.653838 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2575  hypothetical protein  36.11 
 
 
415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41372  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2774  hypothetical protein  38.95 
 
 
356 aa  195  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0353755  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2759  protein of unknown function UPF0118  40.98 
 
 
368 aa  195  9e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.163255  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  39.35 
 
 
379 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1428  hypothetical protein  40.86 
 
 
547 aa  190  4e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2164  hypothetical protein  41.11 
 
 
369 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0400  hypothetical protein  38.92 
 
 
357 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0713  permease, putative  36.93 
 
 
382 aa  189  8e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5162  hypothetical protein  38.35 
 
 
382 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  0.0183443 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0703  putative permease  36.93 
 
 
382 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1855  hypothetical protein  40.06 
 
 
380 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0747  protein of unknown function UPF0118  38.08 
 
 
358 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0336709  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5545  protein of unknown function UPF0118  39.4 
 
 
375 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0252141  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3952  hypothetical protein  38.57 
 
 
383 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0766  hypothetical protein  33.24 
 
 
404 aa  175  9.999999999999999e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.838264  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1297  hypothetical protein  35.31 
 
 
382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675511  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3023  putative permease transmembrane transport protein  41.39 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1773  hypothetical protein  31.93 
 
 
357 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000027115  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3308  protein of unknown function UPF0118  33.62 
 
 
452 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0783017  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1477  protein of unknown function UPF0118  33.33 
 
 
329 aa  162  6e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1762  hypothetical protein  33.92 
 
 
329 aa  162  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0961  protein of unknown function UPF0118  35.88 
 
 
382 aa  162  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00685895 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  30.15 
 
 
343 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  32.85 
 
 
370 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  32.95 
 
 
368 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  30.84 
 
 
344 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  29.85 
 
 
355 aa  149  8e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1144  hypothetical protein  25.92 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.00155039  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  30.46 
 
 
355 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  30.46 
 
 
355 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  30.46 
 
 
355 aa  146  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  30.46 
 
 
355 aa  146  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  30.46 
 
 
355 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  26.69 
 
 
341 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3199  hypothetical protein  27.02 
 
 
349 aa  143  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0020334  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  29.25 
 
 
355 aa  143  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  29.25 
 
 
355 aa  143  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  30.13 
 
 
353 aa  142  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1647  hypothetical protein  31.5 
 
 
345 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0171139 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0196  hypothetical protein  27.62 
 
 
373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  27.75 
 
 
396 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05740  predicted permease  25.79 
 
 
351 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0159553  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0910  hypothetical protein  27.27 
 
 
379 aa  138  2e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1196  protein of unknown function UPF0118  27.45 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  32.22 
 
 
362 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  32.22 
 
 
362 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4523  hypothetical protein  30.46 
 
 
355 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0610501  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  31.4 
 
 
353 aa  137  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>