More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1265 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1667  hypothetical protein  96.92 
 
 		 357 aa  635    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.629251 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  100 
 
 		 357 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0876555 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  96.33 
 
 		 354 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  91.88 
 
 		 357 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  81.23 
 
 		 357 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  80.11 
 
 		 357 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  79.55 
 
 		 357 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  70.95 
 
 		 360 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36860  hypothetical protein  70.49 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  49.86 
 
 		 363 aa  323  3e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  47.31 
 
 		 388 aa  297  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  45.04 
 
 		 363 aa  272  5.000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0971  protein of unknown function UPF0118  48.15 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0710399 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0725  protein of unknown function UPF0118  44.7 
 
 		 347 aa  256  5e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0808655  hitchhiker  0.000000275011 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0571  hypothetical protein  44.7 
 
 		 347 aa  256  5e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1623  PerM family permease  41.96 
 
 		 367 aa  242  9e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.134997 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2668  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  43.71 
 
 		 665 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1855  hypothetical protein  40.6 
 
 		 368 aa  240  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0735664  normal  0.142574 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1648  hypothetical protein  45.78 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00424749  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1964  hypothetical protein  37.46 
 
 		 378 aa  222  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1718  permease  45.48 
 
 		 385 aa  220  3e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0792158  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3565  hypothetical protein  40.92 
 
 		 356 aa  219  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1056  hypothetical protein  41.54 
 
 		 398 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1439  hypothetical protein  38.3 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0335022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2250  permease  49.42 
 
 		 368 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  39.03 
 
 		 379 aa  216  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2453  protein of unknown function UPF0118  39.88 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.563612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0555  protein of unknown function UPF0118  46.04 
 
 		 364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  39.83 
 
 		 374 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2859  protein of unknown function UPF0118  39.31 
 
 		 356 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0672  hypothetical protein  40.85 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0742  protein of unknown function UPF0118  37.76 
 
 		 361 aa  209  9e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2339  protein of unknown function UPF0118  41.23 
 
 		 370 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2065  hypothetical protein  41.23 
 
 		 370 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.76219  normal  0.0900338 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1096  protein of unknown function UPF0118  38.78 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771823  hitchhiker  0.00624948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3329  hypothetical protein  42.54 
 
 		 365 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63767  normal  0.12265 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2624  ABC transporter permease  39.26 
 
 		 356 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.255995 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1300  hypothetical protein  40.96 
 
 		 434 aa  203  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1242  protein of unknown function UPF0118  38.42 
 
 		 374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  hitchhiker  0.00297495 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2025  protein of unknown function UPF0118  41.72 
 
 		 370 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.653838 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2488  hypothetical protein  36.57 
 
 		 358 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.568242 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2435  hypothetical protein  38.72 
 
 		 358 aa  199  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0853714  normal  0.0537169 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  38.72 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2575  hypothetical protein  36.97 
 
 		 415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41372  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2774  hypothetical protein  39.24 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0353755  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2759  protein of unknown function UPF0118  40.37 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.163255  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2536  hypothetical protein  38.07 
 
 		 364 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  40.96 
 
 		 379 aa  195  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3129  hypothetical protein  38.18 
 
 		 418 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5162  hypothetical protein  38.35 
 
 		 382 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  0.0183443 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1855  hypothetical protein  40.06 
 
 		 380 aa  189  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0400  hypothetical protein  39.32 
 
 		 357 aa  189  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1428  hypothetical protein  41.2 
 
 		 547 aa  188  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0713  permease, putative  36.99 
 
 		 382 aa  186  5e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2164  hypothetical protein  40.56 
 
 		 369 aa  185  8e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0703  putative permease  36.93 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5545  protein of unknown function UPF0118  39.1 
 
 		 375 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0252141  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0747  protein of unknown function UPF0118  37.68 
 
 		 358 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0336709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3952  hypothetical protein  38.02 
 
 		 383 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3023  putative permease transmembrane transport protein  41.69 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1297  hypothetical protein  34.37 
 
 		 382 aa  172  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0766  hypothetical protein  32.68 
 
 		 404 aa  172  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.838264  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1773  hypothetical protein  32.31 
 
 		 357 aa  170  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000027115  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3308  protein of unknown function UPF0118  33.14 
 
 		 452 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0783017  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0961  protein of unknown function UPF0118  36.36 
 
 		 382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00685895 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1477  protein of unknown function UPF0118  34.13 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  31.52 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1762  hypothetical protein  33.33 
 
 		 329 aa  160  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  32.23 
 
 		 370 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  31.64 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  32.67 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  27.01 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  29.25 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3199  hypothetical protein  26.4 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0020334  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1647  hypothetical protein  32.56 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0171139 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0196  hypothetical protein  28.32 
 
 		 373 aa  142  7e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  29.81 
 
 		 353 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  27.7 
 
 		 396 aa  142  8e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1144  hypothetical protein  24.79 
 
 		 354 aa  142  9e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.00155039  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  29.85 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  29.85 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  29.85 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  29.85 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  29.85 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05740  predicted permease  24.92 
 
 		 351 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0159553  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0910  hypothetical protein  26.01 
 
 		 379 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  31.91 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  31.91 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  31.71 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  31.91 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  31.91 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  31.91 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1196  protein of unknown function UPF0118  28.01 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>