More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1855 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1855  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  742    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0742  protein of unknown function UPF0118  56.87 
 
 		 361 aa  389  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  54.13 
 
 		 375 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1056  hypothetical protein  56.08 
 
 		 398 aa  384  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2435  hypothetical protein  54.13 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0853714  normal  0.0537169 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0400  hypothetical protein  54.93 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1300  hypothetical protein  50.28 
 
 		 434 aa  331  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1964  hypothetical protein  45.26 
 
 		 378 aa  310  4e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2575  hypothetical protein  46.99 
 
 		 415 aa  301  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1242  protein of unknown function UPF0118  46.44 
 
 		 374 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  hitchhiker  0.00297495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  46.19 
 
 		 379 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  45.4 
 
 		 379 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1096  protein of unknown function UPF0118  45.12 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771823  hitchhiker  0.00624948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  45.22 
 
 		 374 aa  295  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0713  permease, putative  45.5 
 
 		 382 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0703  putative permease  44.96 
 
 		 382 aa  288  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3329  hypothetical protein  46.6 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63767  normal  0.12265 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2339  protein of unknown function UPF0118  45.92 
 
 		 370 aa  276  5e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2065  hypothetical protein  45.92 
 
 		 370 aa  276  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.76219  normal  0.0900338 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2025  protein of unknown function UPF0118  45.24 
 
 		 370 aa  263  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.653838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3129  hypothetical protein  40.91 
 
 		 418 aa  262  6.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1428  hypothetical protein  45.97 
 
 		 547 aa  261  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2164  hypothetical protein  43.54 
 
 		 369 aa  253  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5162  hypothetical protein  45 
 
 		 382 aa  249  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  0.0183443 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0766  hypothetical protein  42.66 
 
 		 404 aa  249  8e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.838264  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1297  hypothetical protein  38.89 
 
 		 382 aa  247  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5545  protein of unknown function UPF0118  44.57 
 
 		 375 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0252141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0961  protein of unknown function UPF0118  41.52 
 
 		 382 aa  235  9e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00685895 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  38.52 
 
 		 388 aa  216  5e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  35.98 
 
 		 363 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2536  hypothetical protein  38.15 
 
 		 364 aa  215  8e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1265  hypothetical protein  40.06 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0876555 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1667  hypothetical protein  40.06 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.629251 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  40.06 
 
 		 354 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  39.45 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2668  phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase  37.64 
 
 		 665 aa  193  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  39.37 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  40.23 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  40.18 
 
 		 357 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1623  PerM family permease  35.45 
 
 		 367 aa  189  5e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.134997 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1855  hypothetical protein  34.68 
 
 		 368 aa  189  8e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0735664  normal  0.142574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0971  protein of unknown function UPF0118  37.87 
 
 		 389 aa  189  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0710399 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  39.54 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0910  hypothetical protein  27.67 
 
 		 379 aa  179  1e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2453  protein of unknown function UPF0118  34.97 
 
 		 356 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.563612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2774  hypothetical protein  36.44 
 
 		 356 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0353755  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2859  protein of unknown function UPF0118  35.25 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2488  hypothetical protein  34.06 
 
 		 358 aa  169  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.568242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3565  hypothetical protein  34.24 
 
 		 356 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  32.23 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1439  hypothetical protein  32.95 
 
 		 366 aa  166  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0335022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0571  hypothetical protein  34.56 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0196  hypothetical protein  29.34 
 
 		 373 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0725  protein of unknown function UPF0118  34.56 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0808655  hitchhiker  0.000000275011 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1648  hypothetical protein  35.54 
 
 		 385 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00424749  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2624  ABC transporter permease  35.19 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.255995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2759  protein of unknown function UPF0118  33.51 
 
 		 368 aa  162  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.163255  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0555  protein of unknown function UPF0118  37.57 
 
 		 364 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1718  permease  35.26 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0792158  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3952  hypothetical protein  34.33 
 
 		 383 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00873367 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  29.09 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  32.2 
 
 		 344 aa  155  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0747  protein of unknown function UPF0118  33.51 
 
 		 358 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0336709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36860  hypothetical protein  39.31 
 
 		 368 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  33.15 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3308  protein of unknown function UPF0118  29.64 
 
 		 452 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0783017  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  30.17 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_002978  WD1144  hypothetical protein  24.32 
 
 		 354 aa  146  5e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  unclonable  0.00155039  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0672  hypothetical protein  34.12 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1762  hypothetical protein  33.24 
 
 		 329 aa  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3023  putative permease transmembrane transport protein  35.69 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1773  hypothetical protein  28.82 
 
 		 357 aa  143  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000027115  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  30.56 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0191  PerM family permease  27.68 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.739217  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2250  permease  38.12 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  27.68 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  27.68 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  27.68 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  27.68 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  27.68 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  26.33 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  27.38 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  27.38 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  29.66 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1477  protein of unknown function UPF0118  32.17 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  26.49 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05740  predicted permease  26.86 
 
 		 351 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0159553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  27.79 
 
 		 362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  27.79 
 
 		 362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1196  protein of unknown function UPF0118  26.27 
 
 		 349 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  27.79 
 
 		 362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  30.03 
 
 		 358 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>