More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2481 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  100 
 
 
356 aa  697    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  69.16 
 
 
357 aa  476  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  56.48 
 
 
355 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  55.65 
 
 
357 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  52.97 
 
 
357 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  54.67 
 
 
356 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  55.9 
 
 
354 aa  370  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  50.7 
 
 
369 aa  350  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  51.83 
 
 
361 aa  349  4e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  51.71 
 
 
356 aa  346  4e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  51.3 
 
 
358 aa  344  1e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  50.72 
 
 
362 aa  341  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  50.72 
 
 
362 aa  341  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  50.72 
 
 
362 aa  342  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  50.72 
 
 
355 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  50.72 
 
 
355 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  51.01 
 
 
353 aa  338  7e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  49.86 
 
 
350 aa  336  2.9999999999999997e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  51.83 
 
 
354 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  51.83 
 
 
354 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  51.83 
 
 
354 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  49.58 
 
 
366 aa  333  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  51.99 
 
 
372 aa  330  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  49.86 
 
 
372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  51.14 
 
 
366 aa  326  5e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  50.14 
 
 
366 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  50.14 
 
 
366 aa  324  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  50.14 
 
 
360 aa  323  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  49.86 
 
 
366 aa  323  3e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  49.16 
 
 
360 aa  323  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  51.01 
 
 
353 aa  323  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  50.7 
 
 
361 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  50.69 
 
 
360 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  49.15 
 
 
360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  49.15 
 
 
360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  49.15 
 
 
360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  49.15 
 
 
360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  49.17 
 
 
361 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  48.67 
 
 
359 aa  317  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  49.16 
 
 
353 aa  315  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  46.7 
 
 
356 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.83 
 
 
356 aa  302  6.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  44.51 
 
 
365 aa  301  1e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  43.26 
 
 
363 aa  296  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  51.69 
 
 
357 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  48.99 
 
 
363 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  51.4 
 
 
357 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  44.07 
 
 
356 aa  288  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  49.41 
 
 
362 aa  286  5e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  46.44 
 
 
372 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  46.33 
 
 
358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  50 
 
 
356 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  49.57 
 
 
356 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  48.03 
 
 
356 aa  270  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  49.28 
 
 
356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  49.57 
 
 
356 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  49.57 
 
 
356 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  49.57 
 
 
356 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  43.93 
 
 
354 aa  248  8e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  50.28 
 
 
356 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  45 
 
 
363 aa  224  1e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  45 
 
 
363 aa  224  1e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  39.18 
 
 
362 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1056  hypothetical protein  31.03 
 
 
398 aa  143  6e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  31.36 
 
 
344 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  29.23 
 
 
351 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  25.95 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  28.7 
 
 
355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0742  protein of unknown function UPF0118  28.61 
 
 
361 aa  134  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  28.89 
 
 
355 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  29.6 
 
 
379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  30.22 
 
 
379 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  28.25 
 
 
355 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  28.25 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  28.25 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  28.25 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  28.25 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  28.25 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  31.06 
 
 
363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  28.71 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  32.92 
 
 
357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3329  hypothetical protein  32.76 
 
 
365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63767  normal  0.12265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1300  hypothetical protein  31.13 
 
 
434 aa  126  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1855  hypothetical protein  30.3 
 
 
380 aa  126  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4473  hypothetical protein  28.89 
 
 
356 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.17401  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  31.83 
 
 
357 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2488  hypothetical protein  28.53 
 
 
358 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.568242 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0779  Lipocalin-related protein and Bos/Can/Equ allergen  27.65 
 
 
375 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.770407  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2435  hypothetical protein  27.65 
 
 
358 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0853714  normal  0.0537169 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0400  hypothetical protein  29.26 
 
 
357 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1964  hypothetical protein  28.05 
 
 
378 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  27.67 
 
 
348 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>