More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1843 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  100 
 
 		 366 aa  715    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  83.01 
 
 		 366 aa  596  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  79.12 
 
 		 369 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  84.9 
 
 		 361 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  79.67 
 
 		 366 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  79.12 
 
 		 366 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  79.4 
 
 		 366 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  80 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  79.06 
 
 		 361 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  80 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  80 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  80 
 
 		 360 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  77.22 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  81.59 
 
 		 360 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  76.8 
 
 		 360 aa  535  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  75 
 
 		 372 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  55.83 
 
 		 357 aa  383  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  57.14 
 
 		 355 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  56.3 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  55.28 
 
 		 356 aa  361  1e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  49.73 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  50.56 
 
 		 355 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  50.56 
 
 		 362 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  50.56 
 
 		 362 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  50.56 
 
 		 355 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  50.56 
 
 		 362 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  50.85 
 
 		 356 aa  348  9e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  48.9 
 
 		 361 aa  344  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  51.66 
 
 		 357 aa  342  4e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  50.7 
 
 		 354 aa  342  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  50.7 
 
 		 354 aa  342  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  50.7 
 
 		 354 aa  342  5.999999999999999e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  49.44 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  51.83 
 
 		 350 aa  335  5.999999999999999e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  51.38 
 
 		 357 aa  334  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  50.56 
 
 		 353 aa  327  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  45.53 
 
 		 372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  46.03 
 
 		 358 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  45.05 
 
 		 359 aa  296  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  42.59 
 
 		 365 aa  293  3e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  44.48 
 
 		 356 aa  293  3e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  42.74 
 
 		 363 aa  288  8e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  46.11 
 
 		 356 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  43.38 
 
 		 353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  50 
 
 		 357 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 		 356 aa  279  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  49.72 
 
 		 357 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  45.9 
 
 		 363 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  47.49 
 
 		 356 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  46.56 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  46.65 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  46.37 
 
 		 356 aa  266  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  44.57 
 
 		 372 aa  266  5.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  43.37 
 
 		 362 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  42.58 
 
 		 358 aa  255  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  46.89 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  46.89 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  46.61 
 
 		 356 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  46.05 
 
 		 356 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  42.5 
 
 		 363 aa  230  4e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  42.5 
 
 		 363 aa  230  4e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  39.94 
 
 		 354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  39.41 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  26.1 
 
 		 396 aa  119  6e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  28.12 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  26.04 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  28.32 
 
 		 374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  28.57 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  26.44 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  27.41 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0858  protein of unknown function UPF0118  29.38 
 
 		 402 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.640782  normal  0.206541 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  26.57 
 
 		 348 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  25.14 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  29.01 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  30.25 
 
 		 360 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2454  hypothetical protein  29.1 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1589  protein of unknown function UPF0118  26.25 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1773  hypothetical protein  26.99 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000027115  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  26.05 
 
 		 354 aa  105  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0793  hypothetical protein  28.92 
 
 		 379 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114477  normal  0.678459 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1995  hypothetical protein  25.6 
 
 		 361 aa  103  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0255666  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1577  permease  28.18 
 
 		 379 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  27.39 
 
 		 341 aa  102  9e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  29.39 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2955  hypothetical protein  25.3 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0331656  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2316  hypothetical protein  25.66 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582551  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2927  hypothetical protein  25.66 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  25.7 
 
 		 369 aa  101  2e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2961  hypothetical protein  25.6 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0186622  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  23.05 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2637  permease  25.6 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.386693  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2916  hypothetical protein  24.78 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>