More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0330 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0330  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 141 aa  279  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6482  MarR family transcriptional regulator  86.76 
 
 		 172 aa  235  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618469  normal  0.143744 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2129  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 148 aa  90.5  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0697643  normal  0.94503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1353  MarR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 157 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5695  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 		 155 aa  83.6  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6384  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 143 aa  83.6  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3774  regulatory protein, MarR  35.29 
 
 		 177 aa  80.5  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3143  MarR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 161 aa  76.6  0.00000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6873  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 159 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0823  transcriptional regulator, MarR family  31.39 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1546  MarR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 161 aa  74.7  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.22368  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3234  transcriptional regulator, MarR family  31.39 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0283  transcriptional regulator, MarR family  40.74 
 
 		 157 aa  74.7  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.34751  hitchhiker  0.000254243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 153 aa  73.2  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7499  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 169 aa  72.4  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3704  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 178 aa  72  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0457412  normal  0.0618466 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3487  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.213963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5701  MarR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 184 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0574544  normal  0.0180901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4283  transcriptional regulator, MarR family  33.08 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4545  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.257542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0660  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.327844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0279  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.468058  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2929  MarR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0675184  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5827  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000586451 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7614  transcriptional regulator, MarR family  41 
 
 		 157 aa  68.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.647741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 140 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3041  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5030  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942025 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2856  MarR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.843332 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3042  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125227  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2033  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3125  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0374972  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5242  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1659  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1409  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2432  MarR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2865  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5123  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 179 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2271  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3991  transcriptional regulator, MarR family  32.38 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4590  MarR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 185 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.777081  normal  0.899831 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0421  MarR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 162 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.799944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3989  MarR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 158 aa  63.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552919  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1065  MarR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0841827  normal  0.196346 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  29.1 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  29.1 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  29.1 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  62  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  29.1 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  29.1 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5689  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0868849  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3564  MarR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  26.52 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2197  MarR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0027451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3671  putative transcriptional regulator  33.62 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4960  MarR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 167 aa  60.5  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0298636  normal  0.832443 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  32.69 
 
 		 156 aa  60.1  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0124  MarR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 148 aa  60.1  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3661  MarR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.185456  normal  0.0917972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1972  transcriptional regulator, MarR family  36 
 
 		 159 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.276082  normal  0.475947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2762  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.351769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1051  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00706994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  31.82 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0813  transcriptional regulator, MarR family  39.73 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.800363  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 172 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2538  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474386  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6047  transcriptional regulator, MarR family  30.66 
 
 		 160 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  33.01 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  33.01 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 161 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1140  regulatory protein MarR  29.93 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.104952  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 159 aa  57  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4219  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.260034 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4858  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.375603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4156  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.331896  normal  0.584748 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0926  transcriptional regulator, MarR family  31.07 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.493079  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  26.47 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0215  transcriptional regulator, TrmB  32.38 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  38.75 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  30.69 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2838  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2738  transcriptional regulator, MarR family  44.12 
 
 		 156 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.708856 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0847  transcriptional regulator, MarR family  36.96 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3155  hypothetical protein  30.3 
 
 		 292 aa  52.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 162 aa  52.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6031  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 		 159 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6813  hypothetical protein  34.09 
 
 		 152 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.611714  normal  0.242939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2977  transcriptional regulator, MarR family  40.79 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.688657  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  34.34 
 
 		 162 aa  52.4  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1249  transcriptional regulator, MarR family  30.3 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193511  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2897  MarR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05520  multidrug resistance operon repressor MexR  32 
 
 		 147 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  28.97 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00880  transcriptional regulator, MarR family  30.39 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3056  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 168 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0023  transcriptional regulator, TrmB  29.46 
 
 		 151 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>