174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0279 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0279  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 158 aa  324  3e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.468058  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1353  MarR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 157 aa  179  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4590  MarR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 185 aa  170  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.777081  normal  0.899831 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5123  MarR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 179 aa  169  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0421  MarR family transcriptional regulator  60.81 
 
 		 162 aa  167  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.799944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3125  MarR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 162 aa  166  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0374972  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5242  MarR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 162 aa  166  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5030  MarR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.942025 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5695  transcriptional regulator, MarR family  53.64 
 
 		 155 aa  160  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2129  MarR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 148 aa  107  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0697643  normal  0.94503 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3143  MarR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 161 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0823  transcriptional regulator, MarR family  39.86 
 
 		 150 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3234  transcriptional regulator, MarR family  39.86 
 
 		 151 aa  99  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3487  MarR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 190 aa  95.5  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.213963 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3774  regulatory protein, MarR  38.3 
 
 		 177 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1546  MarR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 161 aa  89.4  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.22368  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0660  MarR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 175 aa  87.8  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.327844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7499  MarR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 169 aa  86.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 153 aa  84.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 172 aa  84.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5689  MarR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 150 aa  83.6  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0868849  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5701  MarR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 184 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0574544  normal  0.0180901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3704  MarR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0457412  normal  0.0618466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6873  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5827  MarR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000586451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2197  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 170 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0027451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2929  MarR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 315 aa  74.7  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0675184  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6482  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618469  normal  0.143744 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2856  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.843332 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3042  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125227  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4545  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.257542 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1065  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 189 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0841827  normal  0.196346 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0330  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3696  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.134225  normal  0.172711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4858  MarR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.375603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4283  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6384  MarR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 303 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1249  transcriptional regulator, MarR family  32.84 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193511  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3564  MarR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 172 aa  58.9  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0284  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 167 aa  58.2  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1985  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0411716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2137  MarR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755454 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  30.77 
 
 		 134 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0795  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4139  transcriptional regulator, MarR family  28.47 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3041  MarR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2865  MarR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  30 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3991  transcriptional regulator, MarR family  28.78 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  30 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1051  MarR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00706994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  30 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  30 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  31.68 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1409  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0223  transcriptional regulator, MarR family  30.08 
 
 		 169 aa  53.9  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.504687  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1089  MarR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 161 aa  53.9  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3671  putative transcriptional regulator  34.65 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6455  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 162 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3581  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 158 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.703984 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6047  transcriptional regulator, MarR family  28.87 
 
 		 160 aa  52.4  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  33.66 
 
 		 140 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3763  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 154 aa  52  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  29.77 
 
 		 148 aa  51.2  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  29.77 
 
 		 148 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3946  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 158 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1891  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 158 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.784898  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  30.6 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  30.6 
 
 		 165 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2138  MarR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.14968  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 138 aa  49.7  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1344  MarR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3044  MarR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2016  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 167 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2977  transcriptional regulator, MarR family  32.63 
 
 		 158 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.688657  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3661  MarR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 172 aa  48.9  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.185456  normal  0.0917972 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 148 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3893  transcriptional regulator, MarR family  32.74 
 
 		 149 aa  48.5  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.12829  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5487  Transcriptional regulators-like protein  26.57 
 
 		 169 aa  48.5  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.303163  normal  0.0138039 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2033  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 303 aa  47.8  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 140 aa  47.8  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2945  transcriptional regulator, MarR family  27.59 
 
 		 162 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.521959  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1895  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 143 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.423532 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3140  transcriptional regulator, MarR family  33.77 
 
 		 158 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137854  normal  0.695529 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0803  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4148  MarR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 159 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3480  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 147 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0245944  normal  0.530872 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3027  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 163 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.128021 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0359  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 		 141 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000165316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2729  regulatory protein, MarR  26.67 
 
 		 162 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0376267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2838  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2432  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 174 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 146 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14420  transcriptional regulator, MarR family  27.94 
 
 		 161 aa  45.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2136  MarR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 142 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00095835 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>