More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2182 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  100 
 
 		 382 aa  779    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  53.7 
 
 		 376 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4501  ROK  53.42 
 
 		 376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  52.76 
 
 		 374 aa  360  3e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  50.82 
 
 		 375 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  45.23 
 
 		 383 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  34.69 
 
 		 382 aa  199  5e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5363  ROK family protein  35.14 
 
 		 383 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.158793  normal  0.68624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5083  ROK family protein  34.93 
 
 		 383 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.122916  normal  0.209889 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0337  ROK domain-containing protein  32.05 
 
 		 401 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  32.46 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03375  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 387 aa  172  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  28.73 
 
 		 370 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  28.73 
 
 		 370 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  29.44 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  31.76 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  28.66 
 
 		 391 aa  129  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  30.08 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  30.61 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  27.47 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  27.97 
 
 		 421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  28.46 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  26.81 
 
 		 416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0891  ROK  27.82 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  30.29 
 
 		 421 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  28.57 
 
 		 409 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  29.47 
 
 		 406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  28.61 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1372  ROK  27.7 
 
 		 398 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  27.58 
 
 		 404 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  27.33 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  26.81 
 
 		 408 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  27.33 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  27.1 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  27.33 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  28.06 
 
 		 367 aa  113  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  26.79 
 
 		 415 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  28.09 
 
 		 415 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  28.23 
 
 		 439 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  25.86 
 
 		 412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  27.24 
 
 		 416 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  26.84 
 
 		 412 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1899  ROK  25.07 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  26.39 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  28.74 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  26.65 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  26.65 
 
 		 409 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  26.95 
 
 		 414 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  27.86 
 
 		 412 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.476494 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  26.49 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  26.49 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  27.18 
 
 		 396 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  28.8 
 
 		 410 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  28.4 
 
 		 402 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  27.19 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  28.08 
 
 		 409 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  24.53 
 
 		 404 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  25.77 
 
 		 389 aa  99.8  7e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03250  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 233 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  24.11 
 
 		 396 aa  97.8  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5249  transcriptional regulator ROK family  28.71 
 
 		 380 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  26.17 
 
 		 416 aa  97.1  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  27.24 
 
 		 379 aa  96.3  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  26.1 
 
 		 396 aa  96.3  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  27.27 
 
 		 411 aa  95.9  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  31.51 
 
 		 754 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  28.69 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  28.02 
 
 		 429 aa  95.1  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  27.08 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.294989 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  25.45 
 
 		 414 aa  94.7  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  22.39 
 
 		 399 aa  94  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1654  ROK  24.39 
 
 		 420 aa  93.6  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  25.38 
 
 		 418 aa  92.8  8e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  30.14 
 
 		 414 aa  91.3  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  27.47 
 
 		 420 aa  90.1  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  25 
 
 		 390 aa  89.7  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  28.14 
 
 		 473 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  26.47 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  24.11 
 
 		 393 aa  87.4  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007644  Moth_0421  ROK  21 
 
 		 410 aa  87.8  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1485  ROK family protein  26.79 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177239  normal  0.920593 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  24.87 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  23.85 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  32.02 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
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NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  23.26 
 
 		 404 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  22.34 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  22.28 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  21.57 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  26.11 
 
 		 425 aa  82.8  0.000000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
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NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  23.5 
 
 		 405 aa  82.8  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal  1 
 
 
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NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  26.22 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  24.54 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
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NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  21.45 
 
 		 404 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  22.14 
 
 		 408 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  19.53 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
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NC_013131  Caci_4687  ROK family protein  25.65 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.70275 
 
 
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NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  23.43 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  22.36 
 
 		 404 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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