More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5972 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  100 
 
 		 409 aa  819    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  70.59 
 
 		 409 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  72.36 
 
 		 415 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  72.61 
 
 		 415 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  55.42 
 
 		 439 aa  451  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  53.38 
 
 		 411 aa  408  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  46.65 
 
 		 413 aa  378  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  49.87 
 
 		 421 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 407 aa  363  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  51.58 
 
 		 407 aa  363  4e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  49.1 
 
 		 410 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  49.08 
 
 		 406 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1372  ROK  42.48 
 
 		 398 aa  311  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  40.81 
 
 		 390 aa  303  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  39.33 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1899  ROK  37.92 
 
 		 409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  38.38 
 
 		 414 aa  271  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  39.27 
 
 		 410 aa  263  6e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  37.35 
 
 		 416 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
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NC_012791  Vapar_3351  ROK family protein  38.52 
 
 		 407 aa  260  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  39.9 
 
 		 396 aa  253  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2225  ROK family protein  38.99 
 
 		 422 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0891  ROK  37.09 
 
 		 413 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  36.72 
 
 		 408 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  35.84 
 
 		 410 aa  226  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 416 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  32.12 
 
 		 416 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  32.12 
 
 		 416 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  31.87 
 
 		 416 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  32.82 
 
 		 415 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.91 
 
 		 415 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  33.08 
 
 		 415 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  32.56 
 
 		 415 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  33.08 
 
 		 415 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  32.82 
 
 		 415 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
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NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  31.36 
 
 		 416 aa  170  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  29.7 
 
 		 404 aa  170  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  27.96 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  29.33 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
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NC_007347  Reut_A1654  ROK  32.02 
 
 		 420 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  29.77 
 
 		 412 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  29.65 
 
 		 401 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  28.65 
 
 		 400 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
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NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  28.72 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
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NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  28.21 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
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NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  29.97 
 
 		 412 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.476494 
 
 
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NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  30.33 
 
 		 401 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.294989 
 
 
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NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  26.49 
 
 		 412 aa  126  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  28.49 
 
 		 379 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  27.97 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  27.79 
 
 		 417 aa  113  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_007005  Psyr_4501  ROK  27.13 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  26.53 
 
 		 376 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  26.01 
 
 		 370 aa  109  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  26.01 
 
 		 370 aa  109  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  27.87 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  33.2 
 
 		 754 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  26.06 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  25.69 
 
 		 417 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  25.87 
 
 		 374 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  28.08 
 
 		 382 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  26.27 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  26.36 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0337  ROK domain-containing protein  26.5 
 
 		 401 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  33.47 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  30.77 
 
 		 417 aa  99  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  25.63 
 
 		 421 aa  94.4  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  25.13 
 
 		 383 aa  93.2  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03375  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 387 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  26.2 
 
 		 414 aa  90.9  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  29.04 
 
 		 416 aa  90.5  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  25.2 
 
 		 375 aa  90.5  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4697  putative transcriptional regulator protein, ROK family  26.74 
 
 		 379 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.925334 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  26.78 
 
 		 397 aa  89.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1183  ROK family protein  31.75 
 
 		 399 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  30.69 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  26.27 
 
 		 429 aa  88.2  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  26.44 
 
 		 398 aa  87.8  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  28.76 
 
 		 404 aa  87.4  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  26.19 
 
 		 410 aa  85.5  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5249  transcriptional regulator ROK family  25.14 
 
 		 380 aa  86.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  27.3 
 
 		 422 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  31.71 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  27.4 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
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NC_012848  Rleg_4714  putative transcriptional regulator protein, ROK family  26.09 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  28.24 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  27.69 
 
 		 396 aa  82.8  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  26.42 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  27.51 
 
 		 425 aa  82  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
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NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  26.07 
 
 		 409 aa  81.6  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  23.49 
 
 		 408 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  28.03 
 
 		 404 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
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NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  26.29 
 
 		 396 aa  81.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  31.1 
 
 		 393 aa  80.9  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  25.98 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  29.85 
 
 		 387 aa  80.1  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_3061  transcriptional regulator, ROK family  29.27 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.756873  normal  0.372783 
 
 
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NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  30.29 
 
 		 473 aa  79.7  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
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NC_012850  Rleg_1865  ROK family protein  27.89 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.579561 
 
 
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NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  27.82 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
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