More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1760 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



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Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  100 
 
 
425 aa  850    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  61.58 
 
 
429 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  52.71 
 
 
417 aa  363  3e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  46.08 
 
 
414 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0043  ROK family protein  50 
 
 
421 aa  340  2.9999999999999998e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6189  ROK family protein  51.99 
 
 
402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.171626  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  37.85 
 
 
417 aa  256  8e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  38.52 
 
 
417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  29.61 
 
 
408 aa  200  5e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  29.02 
 
 
410 aa  177  4e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  29.82 
 
 
399 aa  177  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  32.23 
 
 
428 aa  176  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  31.09 
 
 
396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  29.92 
 
 
396 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  31.76 
 
 
754 aa  169  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  30.03 
 
 
383 aa  166  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1108  ROK family protein  33.83 
 
 
382 aa  164  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.231439  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01930  transcriptional regulator/sugar kinase  31.66 
 
 
403 aa  163  6e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  30.97 
 
 
414 aa  162  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  31.33 
 
 
395 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  31.63 
 
 
409 aa  161  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  36.6 
 
 
391 aa  160  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  37.84 
 
 
400 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  27.13 
 
 
391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  37.21 
 
 
400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  28.73 
 
 
372 aa  153  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  37.5 
 
 
417 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  27.76 
 
 
389 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  38.06 
 
 
379 aa  149  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  28.21 
 
 
390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  29.03 
 
 
399 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  32.85 
 
 
402 aa  147  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  30.09 
 
 
322 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  29.27 
 
 
435 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  29.71 
 
 
414 aa  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  30.67 
 
 
410 aa  144  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  31.49 
 
 
417 aa  144  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  29.37 
 
 
410 aa  144  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  29.4 
 
 
443 aa  143  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  29.33 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  30.56 
 
 
395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  29.2 
 
 
398 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  29.01 
 
 
503 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  36.4 
 
 
421 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  28.75 
 
 
402 aa  139  7e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  24.62 
 
 
400 aa  139  7.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  29.33 
 
 
425 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  25 
 
 
388 aa  139  8.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  25.2 
 
 
364 aa  138  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  27.65 
 
 
405 aa  138  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  29.2 
 
 
384 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  29.85 
 
 
408 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  31.95 
 
 
417 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  27.91 
 
 
434 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  28.21 
 
 
397 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01250  transcriptional regulator/sugar kinase  29.41 
 
 
424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  31.52 
 
 
386 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  28.57 
 
 
397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  34.88 
 
 
427 aa  136  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  32.13 
 
 
418 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  29.49 
 
 
425 aa  136  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  29.76 
 
 
405 aa  136  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4114  ROK family protein  25.77 
 
 
406 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  26.33 
 
 
404 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  28.68 
 
 
400 aa  132  9e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  28.88 
 
 
395 aa  132  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2885  ROK family protein  29.77 
 
 
409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  28.84 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  25.83 
 
 
416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  28.24 
 
 
427 aa  130  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  31.75 
 
 
403 aa  131  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  30.99 
 
 
405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  29.44 
 
 
392 aa  130  6e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  29.05 
 
 
396 aa  129  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1197  ROK family protein  35.53 
 
 
314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  35.65 
 
 
418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  26.8 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  34.05 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  33.62 
 
 
415 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0049  ROK family glucokinase  27.44 
 
 
315 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00642511  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  27.89 
 
 
401 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1677  ROK family protein  29.31 
 
 
435 aa  127  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  35.8 
 
 
383 aa  126  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8260  ROK family protein  33.05 
 
 
393 aa  126  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00405696 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  26.61 
 
 
405 aa  126  9e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  28.8 
 
 
390 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7220  ROK family protein  29.81 
 
 
402 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.501197  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6204  ROK family protein  30.41 
 
 
350 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0270912  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  27.15 
 
 
401 aa  125  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  27.51 
 
 
393 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  29.43 
 
 
395 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  30.63 
 
 
448 aa  124  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  28.12 
 
 
398 aa  123  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  33.19 
 
 
415 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  34.48 
 
 
367 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  28.12 
 
 
422 aa  123  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  33.19 
 
 
415 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  33.19 
 
 
415 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  28.61 
 
 
389 aa  123  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  24.16 
 
 
408 aa  123  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
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