More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5303 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  100 
 
 
379 aa  767    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  38.46 
 
 
391 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  37.34 
 
 
417 aa  242  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  36.67 
 
 
400 aa  236  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  36.41 
 
 
400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  33.01 
 
 
417 aa  187  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  33.33 
 
 
401 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.294989 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  33.25 
 
 
401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  32.58 
 
 
409 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  32.28 
 
 
389 aa  177  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  36.64 
 
 
417 aa  163  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  35.88 
 
 
417 aa  161  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  30.36 
 
 
421 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  31.62 
 
 
408 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01930  transcriptional regulator/sugar kinase  31.94 
 
 
403 aa  149  6e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  38.06 
 
 
425 aa  149  8e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  28.08 
 
 
404 aa  145  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  31.95 
 
 
418 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  34.38 
 
 
429 aa  139  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  30.75 
 
 
402 aa  139  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  29.97 
 
 
391 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  30.06 
 
 
414 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  37.59 
 
 
427 aa  136  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  27.72 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  31.73 
 
 
754 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  29.19 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  28.86 
 
 
416 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  29.19 
 
 
416 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  28.86 
 
 
415 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  28.86 
 
 
416 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  28.86 
 
 
415 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  35.45 
 
 
407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  35.45 
 
 
407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  28.61 
 
 
415 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  26.68 
 
 
410 aa  132  9e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  28.61 
 
 
415 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  28.61 
 
 
415 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  30.95 
 
 
421 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  29.13 
 
 
416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.26 
 
 
415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  29.44 
 
 
416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  30.55 
 
 
412 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  31.76 
 
 
404 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  31.32 
 
 
405 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  28.48 
 
 
374 aa  129  8.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  35.74 
 
 
417 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  28.07 
 
 
386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  30.49 
 
 
402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  28.91 
 
 
410 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  31.53 
 
 
415 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1654  ROK  31.46 
 
 
420 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  29.85 
 
 
425 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  30.73 
 
 
395 aa  126  6e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  30.42 
 
 
396 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  29.66 
 
 
383 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  27.82 
 
 
395 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  29.55 
 
 
425 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1680  ROK family protein  32.17 
 
 
376 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  30.26 
 
 
414 aa  124  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  30.72 
 
 
397 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  28.27 
 
 
370 aa  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  28.27 
 
 
370 aa  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  30.34 
 
 
401 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1677  ROK family protein  29.03 
 
 
435 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  29.66 
 
 
403 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  28.32 
 
 
422 aa  123  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  28.87 
 
 
398 aa  124  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  31.97 
 
 
405 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  28.45 
 
 
409 aa  123  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  30.41 
 
 
415 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  25.93 
 
 
410 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  31.29 
 
 
382 aa  123  6e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  29.38 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  32 
 
 
397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5226  ROK family protein  30 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01250  transcriptional regulator/sugar kinase  30.9 
 
 
424 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  29.57 
 
 
434 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  28.48 
 
 
390 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1092  ROK family protein  28.17 
 
 
402 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  29.14 
 
 
389 aa  120  6e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  29.49 
 
 
392 aa  119  7e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5489  ROK family protein  36.32 
 
 
321 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.269543 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  28.27 
 
 
413 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  30.11 
 
 
388 aa  119  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.22 
 
 
400 aa  119  9e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  27.03 
 
 
410 aa  118  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  28.11 
 
 
418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  28.92 
 
 
396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  26.25 
 
 
420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1126  ROK family protein  31.15 
 
 
371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  31.18 
 
 
390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  30.14 
 
 
412 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  30.23 
 
 
429 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  29.05 
 
 
409 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  30 
 
 
393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  31.37 
 
 
398 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0705  ROK family protein  32.19 
 
 
374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  30.92 
 
 
412 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.476494 
 
 
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NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  30.19 
 
 
409 aa  116  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  29.75 
 
 
402 aa  116  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
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