More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7333 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Replicon accession
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% identity
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Alignment on homolog gene
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Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  100 
 
 		 412 aa  816    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  59.85 
 
 		 412 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  59.34 
 
 		 412 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.476494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  41.3 
 
 		 418 aa  270  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  39.37 
 
 		 402 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  34.35 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  31.01 
 
 		 410 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  31.54 
 
 		 417 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  29.12 
 
 		 404 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 416 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  30.05 
 
 		 416 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  30.05 
 
 		 416 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  32.75 
 
 		 416 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  31.79 
 
 		 391 aa  156  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  32.16 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  32.16 
 
 		 415 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  32.16 
 
 		 415 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.46 
 
 		 415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
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NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  30.29 
 
 		 416 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  31.87 
 
 		 415 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
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NC_007908  Rfer_1899  ROK  30.39 
 
 		 409 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  31.58 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  30.55 
 
 		 421 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  27.32 
 
 		 409 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  30 
 
 		 404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  32.22 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  29.4 
 
 		 400 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
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NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  28.46 
 
 		 416 aa  147  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  28.21 
 
 		 439 aa  146  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
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NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  29.92 
 
 		 400 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
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NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  27.66 
 
 		 376 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  28.21 
 
 		 410 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
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NC_007802  Jann_2589  ROK  31.27 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  27.34 
 
 		 415 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4501  ROK  27.18 
 
 		 376 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2225  ROK family protein  30.65 
 
 		 422 aa  139  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158605 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0891  ROK  29.26 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  27.6 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  28.99 
 
 		 408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  26.67 
 
 		 409 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  28.83 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  29.63 
 
 		 410 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  31.68 
 
 		 401 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.294989 
 
 
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NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  27.32 
 
 		 414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  30.26 
 
 		 401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  27.64 
 
 		 421 aa  130  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
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NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  25.7 
 
 		 415 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
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NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  27.27 
 
 		 390 aa  126  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  26.47 
 
 		 382 aa  126  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  27.72 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  27.68 
 
 		 411 aa  123  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  31.11 
 
 		 409 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
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NC_012791  Vapar_3351  ROK family protein  28.01 
 
 		 407 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A1654  ROK  29.29 
 
 		 420 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.31 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007802  Jann_1372  ROK  25.27 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
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NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  26.48 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  29.13 
 
 		 397 aa  114  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  27.18 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  27.39 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  26.85 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  26.85 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  28.42 
 
 		 375 aa  111  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1432  ROK family protein  23.98 
 
 		 381 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00411657  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_1183  ROK family protein  31.01 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159445  normal  1 
 
 
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NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  31.47 
 
 		 429 aa  107  3e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  28.57 
 
 		 389 aa  107  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  30.87 
 
 		 425 aa  107  4e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5249  transcriptional regulator ROK family  27.35 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  25.52 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  28.95 
 
 		 396 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  26.75 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  31.27 
 
 		 416 aa  103  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  26.63 
 
 		 398 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007644  Moth_0421  ROK  24.81 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  26.73 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal  1 
 
 
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NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  28.74 
 
 		 417 aa  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  25 
 
 		 383 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  24.81 
 
 		 378 aa  100  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1344  ROK family protein  27.47 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0409693  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  26.01 
 
 		 409 aa  98.2  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  22.96 
 
 		 396 aa  98.6  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.71 
 
 		 408 aa  98.6  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  28.23 
 
 		 420 aa  96.7  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  26.54 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.54 
 
 		 400 aa  94.4  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  22.89 
 
 		 396 aa  94  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  28.57 
 
 		 417 aa  93.6  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  27.92 
 
 		 414 aa  92.8  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  26.55 
 
 		 399 aa  92.8  9e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  31.3 
 
 		 754 aa  92.8  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  26.51 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
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NC_008043  TM1040_3264  ROK domain-containing protein  27.08 
 
 		 404 aa  90.9  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.228362 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4697  putative transcriptional regulator protein, ROK family  26.72 
 
 		 379 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.925334 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  22.25 
 
 		 400 aa  90.9  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2190  ROK family protein  24.35 
 
 		 374 aa  90.5  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012848  Rleg_4714  putative transcriptional regulator protein, ROK family  28.1 
 
 		 379 aa  90.1  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  27.24 
 
 		 428 aa  90.5  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  26.63 
 
 		 401 aa  90.1  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
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