More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2864 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  100 
 
 		 411 aa  822    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  54.23 
 
 		 415 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  54.2 
 
 		 409 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  53.73 
 
 		 415 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  54.34 
 
 		 439 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  53.38 
 
 		 409 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  51.28 
 
 		 410 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  44.07 
 
 		 413 aa  345  1e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  46.17 
 
 		 421 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
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NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  49.35 
 
 		 406 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 407 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  46.75 
 
 		 407 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  41.22 
 
 		 404 aa  318  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  40.3 
 
 		 390 aa  311  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  42.31 
 
 		 414 aa  308  9e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1899  ROK  39.71 
 
 		 409 aa  307  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  41.38 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3351  ROK family protein  40.92 
 
 		 407 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1372  ROK  40.81 
 
 		 398 aa  290  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  37.38 
 
 		 416 aa  277  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
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NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  42.37 
 
 		 396 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2225  ROK family protein  37.99 
 
 		 422 aa  259  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158605 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0891  ROK  37.92 
 
 		 413 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  37.68 
 
 		 408 aa  256  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
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NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  36.25 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  31.96 
 
 		 416 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 416 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  31.96 
 
 		 416 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  32.76 
 
 		 417 aa  184  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  32.47 
 
 		 416 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  32.22 
 
 		 416 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  32.3 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
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NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  32.3 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.3 
 
 		 415 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
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NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  32.56 
 
 		 415 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  32.56 
 
 		 415 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  32.3 
 
 		 415 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
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NC_007347  Reut_A1654  ROK  32.08 
 
 		 420 aa  168  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  29.85 
 
 		 391 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  31.89 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
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NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  27.64 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  29.08 
 
 		 404 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  31.75 
 
 		 401 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  30.35 
 
 		 400 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
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NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  30.75 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  30.29 
 
 		 417 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  30.29 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  32.59 
 
 		 401 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.294989 
 
 
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NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  28.72 
 
 		 412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  29.81 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  28.93 
 
 		 409 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
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NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  27.42 
 
 		 379 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  27.75 
 
 		 412 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
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NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  28.26 
 
 		 412 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.476494 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  26.86 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  26.86 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  27.86 
 
 		 417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  27.68 
 
 		 754 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  27.27 
 
 		 382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  25.55 
 
 		 421 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03375  transcriptional regulator  27.7 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_4501  ROK  26.44 
 
 		 376 aa  106  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  26.36 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  29.59 
 
 		 416 aa  104  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  26.56 
 
 		 376 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  26.34 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  27.54 
 
 		 374 aa  102  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  26.96 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.99 
 
 		 400 aa  99  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  27.18 
 
 		 401 aa  98.2  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  25.46 
 
 		 414 aa  97.8  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  23.31 
 
 		 410 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  25.32 
 
 		 397 aa  94.7  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  29.11 
 
 		 375 aa  94  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5249  transcriptional regulator ROK family  27.49 
 
 		 380 aa  94  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  31.33 
 
 		 404 aa  93.6  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  27.03 
 
 		 383 aa  92.8  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1304  ROK family protein  28.21 
 
 		 393 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1215  ROK family protein  27.65 
 
 		 393 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  27.04 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0337  ROK domain-containing protein  24.73 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  28.33 
 
 		 429 aa  90.1  7e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  31.02 
 
 		 387 aa  89.7  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  25.76 
 
 		 390 aa  89  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1344  ROK family protein  27.83 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0409693  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  27.31 
 
 		 409 aa  89  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6204  ROK family protein  30.6 
 
 		 350 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0270912  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  28.92 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  26.35 
 
 		 422 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  24.03 
 
 		 396 aa  87.8  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  26.89 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1507  ROK domain-containing protein  27.04 
 
 		 393 aa  87.4  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.2 
 
 		 408 aa  87.4  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  26.64 
 
 		 425 aa  85.9  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1485  ROK family protein  27.32 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177239  normal  0.920593 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  26.21 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  23.17 
 
 		 399 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  30.89 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
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NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  26.54 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  30.8 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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