More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5249 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5249  transcriptional regulator ROK family  100 
 
 		 380 aa  772    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  37.83 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1344  ROK family protein  39.64 
 
 		 367 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0409693  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  31.78 
 
 		 389 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  27.95 
 
 		 370 aa  144  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  27.95 
 
 		 370 aa  144  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  30.77 
 
 		 417 aa  139  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  28.61 
 
 		 376 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4501  ROK  27.95 
 
 		 376 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  28.26 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
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NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  30.28 
 
 		 429 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  28.46 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  33.6 
 
 		 754 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  31.68 
 
 		 425 aa  113  7.000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  33.47 
 
 		 417 aa  113  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1485  ROK family protein  29.06 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177239  normal  0.920593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  26.99 
 
 		 402 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
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NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  28.71 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  33.19 
 
 		 415 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  26.49 
 
 		 439 aa  109  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  32.89 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
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NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  34.06 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  32.76 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  32.76 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  31.91 
 
 		 406 aa  106  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  32.76 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  28.45 
 
 		 391 aa  106  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.22 
 
 		 414 aa  106  8e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.76 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
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NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  27.46 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
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NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  29.48 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  32.33 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
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NC_007908  Rfer_1899  ROK  27.46 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  27.89 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  26.33 
 
 		 382 aa  103  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  25.23 
 
 		 421 aa  102  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  26.88 
 
 		 417 aa  102  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  27.36 
 
 		 412 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  34.21 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  33.48 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
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NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  29.07 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  33.19 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  33.19 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  25.85 
 
 		 421 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  26.09 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  28.4 
 
 		 410 aa  101  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  29.75 
 
 		 396 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007644  Moth_0421  ROK  25.14 
 
 		 410 aa  100  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  27.37 
 
 		 413 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  27.75 
 
 		 417 aa  99.8  7e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  28.1 
 
 		 406 aa  99.4  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  29 
 
 		 420 aa  98.6  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
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NC_011661  Dtur_0688  ROK family protein  26.08 
 
 		 387 aa  97.8  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  29.55 
 
 		 400 aa  97.1  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  29.6 
 
 		 389 aa  97.4  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  33.33 
 
 		 473 aa  97.4  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
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NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  29.36 
 
 		 414 aa  97.4  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  29.85 
 
 		 409 aa  96.7  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  27.98 
 
 		 416 aa  95.9  9e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03375  transcriptional regulator  25.14 
 
 		 387 aa  95.5  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0891  ROK  29.34 
 
 		 413 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  27.32 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  26.64 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  27.49 
 
 		 411 aa  94.4  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  31.78 
 
 		 396 aa  94.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  27.39 
 
 		 416 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  25.14 
 
 		 409 aa  93.6  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  28.04 
 
 		 400 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  27.66 
 
 		 404 aa  93.6  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  26.36 
 
 		 404 aa  93.2  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  25.56 
 
 		 379 aa  92.8  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  26.6 
 
 		 401 aa  92.8  9e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  28.93 
 
 		 408 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  25.2 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3048  ROK family protein  27.69 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000252732 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  29.24 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  27.2 
 
 		 400 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  26.96 
 
 		 390 aa  90.5  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0064  ROK family protein  30.26 
 
 		 399 aa  90.9  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  26.82 
 
 		 409 aa  89.7  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  26.05 
 
 		 389 aa  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  27.97 
 
 		 410 aa  89.7  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0043  ROK family protein  30.3 
 
 		 421 aa  89.4  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  29.03 
 
 		 414 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  27.25 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  33.47 
 
 		 427 aa  88.6  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  30.6 
 
 		 401 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  27.12 
 
 		 414 aa  88.2  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
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NC_007347  Reut_A1654  ROK  26.84 
 
 		 420 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
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NC_007802  Jann_1372  ROK  24.31 
 
 		 398 aa  87.8  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
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NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  25.77 
 
 		 404 aa  87.4  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  24.87 
 
 		 415 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  25.82 
 
 		 403 aa  87  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  23.97 
 
 		 383 aa  86.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
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NC_008228  Patl_0337  ROK domain-containing protein  22.79 
 
 		 401 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  25.53 
 
 		 408 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
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NC_002976  SERP2517  xylose repressor  25 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0778227  n/a   
 
 
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NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  29.41 
 
 		 399 aa  84.7  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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