More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2001 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  100 
 
 
414 aa  828    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  56.14 
 
 
425 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  56.14 
 
 
425 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  55.41 
 
 
425 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  41.88 
 
 
435 aa  300  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  36.92 
 
 
428 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.27 
 
 
408 aa  179  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  33.51 
 
 
390 aa  175  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3115  ROK domain-containing protein  32.84 
 
 
442 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.603125  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.71 
 
 
400 aa  161  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  25.19 
 
 
396 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  29.46 
 
 
405 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  29.73 
 
 
404 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  33.13 
 
 
397 aa  156  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  28.91 
 
 
400 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  30.91 
 
 
395 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  32.29 
 
 
401 aa  153  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  27.42 
 
 
315 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  27.42 
 
 
315 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  31.9 
 
 
402 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.12 
 
 
383 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  30 
 
 
425 aa  150  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  28.31 
 
 
410 aa  150  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  34.53 
 
 
404 aa  150  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  25.06 
 
 
410 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  33.42 
 
 
386 aa  150  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0992  ROK family glucokinase  30.97 
 
 
312 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  31.07 
 
 
434 aa  150  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  31.27 
 
 
405 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  25.84 
 
 
391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  33.25 
 
 
390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  24.55 
 
 
396 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  26.65 
 
 
378 aa  146  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  29.82 
 
 
429 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  29.69 
 
 
322 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  29.14 
 
 
404 aa  144  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  32.9 
 
 
397 aa  144  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  28.83 
 
 
409 aa  143  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  30.45 
 
 
404 aa  143  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  33.92 
 
 
401 aa  143  7e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  33.53 
 
 
390 aa  142  9e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  30.1 
 
 
387 aa  142  9e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3092  glucokinase  35.58 
 
 
352 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  23.83 
 
 
408 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  28.87 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  32.49 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  31.19 
 
 
386 aa  140  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  30.72 
 
 
418 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  29.1 
 
 
405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  30.83 
 
 
408 aa  140  3.9999999999999997e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  29.52 
 
 
406 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  23.24 
 
 
405 aa  139  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0088  ROK family protein  31.45 
 
 
313 aa  139  8.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  30.12 
 
 
422 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  32.13 
 
 
395 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  29.03 
 
 
406 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  24.87 
 
 
399 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  28.96 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  28.44 
 
 
417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  28.96 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  28.04 
 
 
417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  29.61 
 
 
405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  28.96 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  28.96 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  31.71 
 
 
405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  28.96 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  28.74 
 
 
404 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  31.82 
 
 
408 aa  137  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  26.16 
 
 
399 aa  136  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  28.17 
 
 
405 aa  136  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32910  transcriptional regulator/sugar kinase  32.82 
 
 
400 aa  136  9e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.235985  normal  0.423272 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  31.33 
 
 
396 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  29.05 
 
 
404 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  27 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  26.37 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  33.65 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  30.89 
 
 
405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  30.06 
 
 
398 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  23.87 
 
 
385 aa  133  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1061  ROK family glucokinase  29.58 
 
 
312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.204957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  28.83 
 
 
407 aa  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  24.21 
 
 
401 aa  133  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  29 
 
 
320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  27.57 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  26.11 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  27.57 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  27.57 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  36.8 
 
 
473 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  28.4 
 
 
405 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  23.29 
 
 
402 aa  131  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  28.4 
 
 
405 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1821  ROK family protein  34.06 
 
 
318 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>