More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2407 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  100 
 
 
403 aa  778    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  73.5 
 
 
401 aa  515  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  54.81 
 
 
416 aa  373  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  47.88 
 
 
448 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  47.04 
 
 
417 aa  319  6e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  41.67 
 
 
457 aa  266  5e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  38.03 
 
 
417 aa  209  8e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  34.9 
 
 
395 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  39.49 
 
 
391 aa  199  6e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  37.38 
 
 
418 aa  197  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  37.4 
 
 
413 aa  188  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  34.55 
 
 
397 aa  187  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  38.74 
 
 
434 aa  183  6e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  31.61 
 
 
364 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  38.59 
 
 
404 aa  182  8.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  34.2 
 
 
409 aa  182  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  41.95 
 
 
473 aa  176  5e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  27.85 
 
 
400 aa  176  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  33.74 
 
 
410 aa  176  9e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  34.76 
 
 
398 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  39.32 
 
 
382 aa  172  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  42.2 
 
 
406 aa  172  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  29.32 
 
 
405 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  30.7 
 
 
391 aa  169  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  39.14 
 
 
436 aa  166  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  38.83 
 
 
403 aa  166  5e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0233  ROK family protein  34.78 
 
 
385 aa  166  6.9999999999999995e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.207567  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  28.15 
 
 
390 aa  166  8e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  33.8 
 
 
409 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  36.02 
 
 
406 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.39 
 
 
383 aa  164  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2429  ROK family protein  37.56 
 
 
418 aa  163  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  28.57 
 
 
434 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  32.02 
 
 
399 aa  160  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  28.81 
 
 
407 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  34.64 
 
 
402 aa  159  8e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.68 
 
 
396 aa  159  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  28.32 
 
 
405 aa  158  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  29.63 
 
 
406 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  29.63 
 
 
406 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  29.63 
 
 
406 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  29.63 
 
 
406 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  37.93 
 
 
390 aa  158  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  29.63 
 
 
406 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  33.68 
 
 
398 aa  157  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  29.06 
 
 
407 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  31.85 
 
 
417 aa  157  4e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  30.15 
 
 
406 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.56 
 
 
408 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  29.73 
 
 
406 aa  156  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  29.56 
 
 
407 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  29.32 
 
 
404 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  40.94 
 
 
387 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  29.04 
 
 
404 aa  155  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  27.89 
 
 
407 aa  155  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  29.11 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  32.15 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  30.24 
 
 
404 aa  154  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  29.11 
 
 
408 aa  154  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  29.11 
 
 
408 aa  154  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  26.57 
 
 
416 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  27.63 
 
 
399 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  33.75 
 
 
390 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  30.69 
 
 
386 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  28.49 
 
 
404 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  31.1 
 
 
406 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  32.51 
 
 
414 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3420  ROK family protein  27.75 
 
 
381 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111395  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  33.83 
 
 
389 aa  150  4e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  32.33 
 
 
405 aa  150  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  32.58 
 
 
401 aa  150  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  27.43 
 
 
396 aa  150  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  37.24 
 
 
395 aa  149  7e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  31.16 
 
 
429 aa  149  9e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  30.97 
 
 
395 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  36.32 
 
 
413 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  28.12 
 
 
378 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  27 
 
 
410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  30.36 
 
 
435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  32.32 
 
 
408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00660  transcriptional regulator/sugar kinase  34.82 
 
 
385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.182982 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  31.88 
 
 
422 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  35.31 
 
 
392 aa  147  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  34.94 
 
 
400 aa  147  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  31.55 
 
 
396 aa  147  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  32.87 
 
 
404 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1730  transcriptional repressor of the xylose operon  35.96 
 
 
396 aa  145  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332399  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  35.36 
 
 
401 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2491  ROK family protein  33.58 
 
 
396 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.831106  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  35.55 
 
 
401 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  31.45 
 
 
396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  33.04 
 
 
428 aa  141  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>