More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1794 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  100 
 
 		 382 aa  722    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  59.28 
 
 		 413 aa  376  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  44.56 
 
 		 391 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  43.72 
 
 		 406 aa  244  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  39.9 
 
 		 410 aa  236  7e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  43.9 
 
 		 403 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  43.73 
 
 		 404 aa  224  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  44.5 
 
 		 406 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  40.45 
 
 		 448 aa  209  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  50.37 
 
 		 473 aa  207  3e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  38.89 
 
 		 417 aa  199  6e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  40.21 
 
 		 417 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2429  ROK family protein  44.13 
 
 		 418 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0646  ROK family protein  40.66 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0223419  hitchhiker  0.00474804 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  34.1 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  41.96 
 
 		 401 aa  179  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  35.86 
 
 		 418 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4664  ROK family protein  39.25 
 
 		 409 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213413  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2174  ROK family protein  42.97 
 
 		 409 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000419301 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  28.97 
 
 		 399 aa  170  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  40.34 
 
 		 403 aa  168  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  32.39 
 
 		 409 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  37.47 
 
 		 457 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3308  ROK family protein  38.87 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0139396 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  30.63 
 
 		 397 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  37.9 
 
 		 434 aa  162  6e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2986  ROK family protein  42.97 
 
 		 398 aa  161  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.132315  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  32.55 
 
 		 398 aa  158  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  35.73 
 
 		 404 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
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NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  37.14 
 
 		 416 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  29.6 
 
 		 391 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  28.17 
 
 		 396 aa  155  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  27.32 
 
 		 383 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  32.35 
 
 		 409 aa  152  8.999999999999999e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_3849  ROK family protein  34.73 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  28.35 
 
 		 408 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  31.93 
 
 		 399 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  27.69 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4239  ROK family protein  33.68 
 
 		 393 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0397832  normal  0.0388456 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  35.25 
 
 		 389 aa  146  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
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NC_007644  Moth_0421  ROK  27.2 
 
 		 410 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  24.74 
 
 		 390 aa  144  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  34.5 
 
 		 392 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  31.92 
 
 		 417 aa  143  6e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  33.08 
 
 		 414 aa  143  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  37.68 
 
 		 400 aa  143  7e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010001  Cphy_3420  ROK family protein  26.53 
 
 		 381 aa  142  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111395  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_17010  transcriptional regulator/sugar kinase  37.06 
 
 		 402 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578503 
 
 
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NC_007963  Csal_1730  transcriptional repressor of the xylose operon  34.88 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332399  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  25.13 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  34.88 
 
 		 413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  32.41 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  34.88 
 
 		 408 aa  139  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
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NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  28.62 
 
 		 396 aa  139  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  26.77 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  28.97 
 
 		 399 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  28.93 
 
 		 428 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  35.63 
 
 		 405 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_2765  ROK family protein  32 
 
 		 410 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0825037  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  33.42 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  35.25 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  32.27 
 
 		 397 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
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NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  34.66 
 
 		 408 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  38.24 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  31.55 
 
 		 410 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  33.24 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  32.38 
 
 		 436 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  33.62 
 
 		 417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  32.3 
 
 		 401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  32.32 
 
 		 408 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4482  ROK family protein  33.16 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0138376  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  31.25 
 
 		 425 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  33.16 
 
 		 395 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  31.23 
 
 		 398 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  30.97 
 
 		 425 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0832  glucokinase  31.55 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.618047 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  35.45 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  27.55 
 
 		 404 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  31.49 
 
 		 383 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0176  ROK family protein  33.02 
 
 		 379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  35.13 
 
 		 395 aa  127  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  27.69 
 
 		 404 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  31.81 
 
 		 410 aa  126  8.000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 404 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 405 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  31.16 
 
 		 425 aa  124  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
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NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  31.83 
 
 		 425 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
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NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  27.14 
 
 		 400 aa  123  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  34.29 
 
 		 404 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  26.65 
 
 		 404 aa  123  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
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NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  31.98 
 
 		 410 aa  123  5e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  27.82 
 
 		 406 aa  123  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
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NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  28.97 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
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NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  37.22 
 
 		 429 aa  123  5e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
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NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  26.57 
 
 		 408 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  26.57 
 
 		 408 aa  122  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
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NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  26.95 
 
 		 378 aa  122  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  32.43 
 
 		 406 aa  122  9e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  26.57 
 
 		 408 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  32.75 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal  1 
 
 
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