More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2271 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



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Alignment on homolog gene

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  100 
 
 
401 aa  775    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  74.87 
 
 
413 aa  566  1e-160  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  70.5 
 
 
408 aa  509  1e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  64.23 
 
 
408 aa  466  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4239  ROK family protein  60.31 
 
 
393 aa  422  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0397832  normal  0.0388456 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3849  ROK family protein  59.54 
 
 
393 aa  415  9.999999999999999e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5946  ROK family protein  52.59 
 
 
422 aa  345  7e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.908629  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  45.36 
 
 
395 aa  272  8.000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  44.05 
 
 
436 aa  260  3e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  42.34 
 
 
389 aa  257  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1123  ROK family protein  62.68 
 
 
836 aa  247  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.210366  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  44.27 
 
 
390 aa  235  8e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4482  ROK family protein  41.13 
 
 
385 aa  218  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0138376  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  37.66 
 
 
404 aa  203  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  37.37 
 
 
448 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  35.28 
 
 
418 aa  176  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  32.25 
 
 
398 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1189  ROK family protein  38.25 
 
 
418 aa  175  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.708792  normal  0.0977285 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  35.26 
 
 
417 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  32.58 
 
 
409 aa  167  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  35.06 
 
 
457 aa  160  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  30.12 
 
 
410 aa  158  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  31.23 
 
 
413 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  32.82 
 
 
417 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  32.56 
 
 
391 aa  156  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  35.76 
 
 
403 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  35.98 
 
 
392 aa  154  4e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  27.53 
 
 
400 aa  153  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  38.67 
 
 
401 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.05 
 
 
408 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.23 
 
 
396 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  34.75 
 
 
387 aa  149  6e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  25.5 
 
 
408 aa  149  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  34.32 
 
 
404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  34.01 
 
 
403 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  32.3 
 
 
382 aa  147  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  39.1 
 
 
473 aa  146  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  29 
 
 
405 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3092  glucokinase  37.39 
 
 
352 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  35.63 
 
 
434 aa  142  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  26.56 
 
 
378 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3083  ROK family protein  34.63 
 
 
407 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.048241  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  28.32 
 
 
434 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  28.83 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  32.2 
 
 
322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  26.33 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  32.21 
 
 
389 aa  140  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0225  ROK family protein  27 
 
 
398 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  33.5 
 
 
400 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  25.5 
 
 
385 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  31.3 
 
 
399 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  28.46 
 
 
399 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.16 
 
 
396 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  28.57 
 
 
416 aa  140  4.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  26.8 
 
 
383 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  28.2 
 
 
404 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  31.27 
 
 
406 aa  138  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  26.94 
 
 
408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0814  ROK family protein  26.75 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162994  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  26.94 
 
 
408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  33.67 
 
 
396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2957  ROK family protein  35.74 
 
 
306 aa  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.26 
 
 
391 aa  137  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  27.94 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  27.94 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  27.94 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  27.94 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  27.94 
 
 
406 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5161  glucokinase, ROK family  36.59 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.515306 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  30.02 
 
 
414 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  28.16 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  26.68 
 
 
408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1566  ROK family protein  32.51 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  27.57 
 
 
405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1263  ROK family protein  42.11 
 
 
303 aa  132  9e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000116273  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1326  ROK family protein  35.48 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0533007  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  34.78 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  27.86 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  28.68 
 
 
405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  26.82 
 
 
404 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  29.16 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  28 
 
 
386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  28.49 
 
 
407 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
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CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  26.15 
 
 
407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  26.42 
 
 
407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
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NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
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NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  31.53 
 
 
320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  27.13 
 
 
407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  27.15 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
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NC_010001  Cphy_3420  ROK family protein  26.68 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111395  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_4339  glucokinase  33.96 
 
 
316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_014165  Tbis_1308  ROK family glucokinase  37.14 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  0.189583 
 
 
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NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  29.64 
 
 
402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
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