More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5569 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  100 
 
 
448 aa  863    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  64.94 
 
 
417 aa  500  1e-140  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  48.38 
 
 
403 aa  311  2e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  51.5 
 
 
401 aa  311  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  42.47 
 
 
457 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  43.18 
 
 
416 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  39.8 
 
 
391 aa  214  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  36.64 
 
 
418 aa  211  2e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  40.21 
 
 
417 aa  210  3e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  40.79 
 
 
382 aa  206  6e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  39.35 
 
 
413 aa  191  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  32.82 
 
 
409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  43.84 
 
 
473 aa  188  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  37.44 
 
 
436 aa  179  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  27.99 
 
 
383 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  37.96 
 
 
403 aa  171  3e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  37.78 
 
 
404 aa  170  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  37.31 
 
 
413 aa  169  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  32.43 
 
 
395 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  29.14 
 
 
410 aa  167  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  28.54 
 
 
399 aa  167  4e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  37.37 
 
 
401 aa  166  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  34.68 
 
 
414 aa  166  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  37.33 
 
 
392 aa  164  3e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  36.76 
 
 
406 aa  164  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  33.33 
 
 
398 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  29.8 
 
 
400 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  28.92 
 
 
396 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  34.69 
 
 
410 aa  163  5.0000000000000005e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  37.21 
 
 
434 aa  162  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  33.58 
 
 
408 aa  158  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  31.23 
 
 
397 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  29.28 
 
 
399 aa  156  9e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  38.97 
 
 
408 aa  155  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  32.23 
 
 
389 aa  155  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  32.33 
 
 
410 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  32.34 
 
 
405 aa  155  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  30.77 
 
 
391 aa  154  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  36.13 
 
 
387 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  27.86 
 
 
396 aa  153  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  26.42 
 
 
400 aa  152  8.999999999999999e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  33.24 
 
 
399 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  35.08 
 
 
401 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.98 
 
 
408 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  37.72 
 
 
406 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  38.18 
 
 
387 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  35.75 
 
 
408 aa  150  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  35.06 
 
 
404 aa  150  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  27.32 
 
 
385 aa  150  6e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  28.15 
 
 
396 aa  149  9e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  36.86 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  29.65 
 
 
428 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2429  ROK family protein  38.76 
 
 
418 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  28.02 
 
 
364 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  33.59 
 
 
395 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0225  ROK family protein  28.32 
 
 
398 aa  143  5e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  33.25 
 
 
408 aa  143  8e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1730  transcriptional repressor of the xylose operon  34.77 
 
 
396 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332399  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3849  ROK family protein  34.42 
 
 
393 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  34.87 
 
 
395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  31.82 
 
 
422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  32.32 
 
 
397 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  32.23 
 
 
398 aa  140  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4239  ROK family protein  34.29 
 
 
393 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0397832  normal  0.0388456 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  32.52 
 
 
404 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3061  transcriptional regulator, ROK family  33.79 
 
 
407 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.756873  normal  0.372783 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  30.94 
 
 
401 aa  138  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  37.92 
 
 
383 aa  137  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  31.93 
 
 
389 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  31.56 
 
 
435 aa  136  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  34.32 
 
 
322 aa  136  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2174  ROK family protein  37.35 
 
 
409 aa  136  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000419301 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  35.31 
 
 
410 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  31.74 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  33.59 
 
 
390 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  32.01 
 
 
417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4482  ROK family protein  33.76 
 
 
385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0138376  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  31 
 
 
386 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  32.24 
 
 
409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0260  ROK family protein  33.15 
 
 
404 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5946  ROK family protein  32.78 
 
 
422 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.908629  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1821  ROK family protein  36.59 
 
 
318 aa  133  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  25.9 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  30.38 
 
 
425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  33.25 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
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NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  24.52 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3092  glucokinase  36.81 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  30.5 
 
 
429 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
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NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  30.12 
 
 
386 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
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NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  32.85 
 
 
390 aa  131  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  31.95 
 
 
393 aa  131  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  33.83 
 
 
425 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
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NC_014151  Cfla_0646  ROK family protein  36.18 
 
 
438 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0223419  hitchhiker  0.00474804 
 
 
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NC_014212  Mesil_0694  ROK family protein  33.25 
 
 
382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0157817 
 
 
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NC_013174  Jden_0233  ROK family protein  35.66 
 
 
385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.207567  normal 
 
 
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NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  32.82 
 
 
390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
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NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  34.45 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
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NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  24.79 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  32.08 
 
 
400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  31.74 
 
 
425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
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