More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5021 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  100 
 
 		 387 aa  763    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  38.25 
 
 		 400 aa  194  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1730  transcriptional repressor of the xylose operon  35.74 
 
 		 396 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332399  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  33.33 
 
 		 395 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  29.88 
 
 		 391 aa  164  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  38.65 
 
 		 473 aa  159  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0694  ROK family protein  40.58 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0157817 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  28.83 
 
 		 397 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  38.18 
 
 		 448 aa  157  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  31.2 
 
 		 409 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  35.74 
 
 		 404 aa  153  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  41.3 
 
 		 403 aa  153  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  36.73 
 
 		 409 aa  152  8e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  30.23 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0705  ROK family protein  35.88 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  32.27 
 
 		 410 aa  150  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  38.32 
 
 		 413 aa  150  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  34.36 
 
 		 397 aa  149  6e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  34.86 
 
 		 417 aa  147  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  35.27 
 
 		 418 aa  146  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  40.07 
 
 		 392 aa  144  4e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  32.23 
 
 		 398 aa  142  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0233  ROK family protein  35.27 
 
 		 385 aa  142  9e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.207567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  35.25 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  34.88 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  26.43 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  30.27 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  28.23 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  34 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  25.92 
 
 		 399 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  36.4 
 
 		 406 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  33.45 
 
 		 406 aa  133  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  32.34 
 
 		 436 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  35.46 
 
 		 417 aa  132  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  29.2 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  30.55 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  32.74 
 
 		 391 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  34.12 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  25.19 
 
 		 396 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  32.85 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  35.02 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  32.97 
 
 		 386 aa  126  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  31.48 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  31.48 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  39.56 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3420  ROK family protein  25.75 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111395  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3308  ROK family protein  37.54 
 
 		 383 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0139396 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  34.21 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  33.79 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.19 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  32.12 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0208  NagC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 374 aa  124  4e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.781184  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  31.75 
 
 		 399 aa  123  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  30.31 
 
 		 425 aa  122  9e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  34.64 
 
 		 417 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  31.55 
 
 		 387 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  34.83 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  33.45 
 
 		 429 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  34.78 
 
 		 457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  29.47 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  25.61 
 
 		 378 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.52 
 
 		 383 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  31.29 
 
 		 379 aa  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00660  transcriptional regulator/sugar kinase  36.94 
 
 		 385 aa  118  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.182982 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  28.65 
 
 		 425 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4482  ROK family protein  37.73 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0138376  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  29.24 
 
 		 404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  27.62 
 
 		 386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  30.14 
 
 		 410 aa  117  5e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  29.72 
 
 		 428 aa  117  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  35.69 
 
 		 390 aa  117  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01930  transcriptional regulator/sugar kinase  34.57 
 
 		 403 aa  116  6e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2429  ROK family protein  38.98 
 
 		 418 aa  116  7.999999999999999e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  30.51 
 
 		 391 aa  116  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  26.79 
 
 		 414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  32.08 
 
 		 395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  38.2 
 
 		 427 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  36.19 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  34.67 
 
 		 434 aa  114  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  29.54 
 
 		 407 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  35.42 
 
 		 390 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  30.38 
 
 		 322 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  29.6 
 
 		 404 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  31.79 
 
 		 408 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4339  glucokinase  42.03 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  30.23 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010003  Pmob_1217  ROK family protein  39.16 
 
 		 316 aa  112  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  34.94 
 
 		 402 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal  1 
 
 
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NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  28.11 
 
 		 416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  25.82 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
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NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  27.6 
 
 		 404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  26.43 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
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NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  27.27 
 
 		 396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  25.82 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  25.82 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
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NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  25.82 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  25.82 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  30.75 
 
 		 408 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014248  Aazo_1566  ROK family protein  41.3 
 
 		 322 aa  110  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  26.55 
 
 		 406 aa  111  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
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