More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0180 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  100 
 
 		 404 aa  791    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  50.63 
 
 		 406 aa  325  8.000000000000001e-88  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  48.85 
 
 		 403 aa  315  9.999999999999999e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0646  ROK family protein  50.36 
 
 		 438 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0223419  hitchhiker  0.00474804 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  44.14 
 
 		 410 aa  305  9.000000000000001e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  43.69 
 
 		 406 aa  248  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  41.31 
 
 		 413 aa  238  2e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  43.3 
 
 		 382 aa  236  5.0000000000000005e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  37.35 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3308  ROK family protein  44.25 
 
 		 383 aa  227  4e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0139396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4664  ROK family protein  41.81 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213413  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  39.95 
 
 		 391 aa  218  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  46.59 
 
 		 473 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2986  ROK family protein  45.63 
 
 		 398 aa  213  7e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.132315  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  40.5 
 
 		 392 aa  212  1e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  37.65 
 
 		 457 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  36.57 
 
 		 417 aa  187  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  38.31 
 
 		 403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  35.48 
 
 		 448 aa  182  7e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  35.01 
 
 		 418 aa  182  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  37.99 
 
 		 401 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  33.92 
 
 		 395 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  31.27 
 
 		 389 aa  171  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2174  ROK family protein  42.35 
 
 		 409 aa  168  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000419301 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2429  ROK family protein  40.71 
 
 		 418 aa  166  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  33.51 
 
 		 417 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  35.13 
 
 		 416 aa  161  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  33.77 
 
 		 408 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.79 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  32.82 
 
 		 413 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  32.42 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4239  ROK family protein  33.68 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0397832  normal  0.0388456 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  32.97 
 
 		 399 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  32.9 
 
 		 401 aa  150  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  33.16 
 
 		 434 aa  150  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3849  ROK family protein  34.45 
 
 		 393 aa  149  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  35.74 
 
 		 387 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.57 
 
 		 383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  31.03 
 
 		 409 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  33.25 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.97 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  29.02 
 
 		 434 aa  142  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  28.36 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  31.86 
 
 		 408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
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NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  32.58 
 
 		 405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  32.38 
 
 		 410 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  28.43 
 
 		 397 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 405 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  28.76 
 
 		 405 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  31.06 
 
 		 398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  31.73 
 
 		 396 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  30.49 
 
 		 404 aa  137  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
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NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  25.06 
 
 		 399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4482  ROK family protein  32.89 
 
 		 385 aa  136  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0138376  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  33.83 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
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NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  26.91 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  32.34 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  28.72 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  33.33 
 
 		 397 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464207 
 
 
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NC_010003  Pmob_0225  ROK family protein  27.01 
 
 		 398 aa  133  6.999999999999999e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  27 
 
 		 399 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  30.49 
 
 		 417 aa  132  7.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  30.38 
 
 		 408 aa  132  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  32.12 
 
 		 398 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  31.3 
 
 		 404 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  29.3 
 
 		 435 aa  129  9.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  32.18 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  32.42 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  28.25 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  27.08 
 
 		 410 aa  127  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  31.54 
 
 		 395 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  31.27 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.38 
 
 		 396 aa  127  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  25.38 
 
 		 385 aa  126  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0289  ROK family protein  32.45 
 
 		 404 aa  126  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  23.34 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3420  ROK family protein  26.5 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111395  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  32.63 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  31.96 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  30.87 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1189  ROK family protein  32.84 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.708792  normal  0.0977285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  30.41 
 
 		 410 aa  124  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  32.22 
 
 		 374 aa  123  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  30.05 
 
 		 405 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  28.78 
 
 		 404 aa  122  8e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  32.82 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  31.72 
 
 		 425 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  25.99 
 
 		 378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  31.75 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  29.05 
 
 		 428 aa  119  7e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  30.02 
 
 		 417 aa  119  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
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NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  31.85 
 
 		 418 aa  119  7.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  32.89 
 
 		 390 aa  119  7.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0260  ROK family protein  32.94 
 
 		 404 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_0176  ROK family protein  31.36 
 
 		 379 aa  119  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  30.26 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
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NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  29.75 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
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NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  23.08 
 
 		 388 aa  117  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  30.53 
 
 		 328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
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NC_013946  Mrub_0705  ROK family protein  37.3 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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