More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_24360 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  100 
 
 
389 aa  750    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  70.1 
 
 
390 aa  482  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4482  ROK family protein  54.23 
 
 
385 aa  348  7e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0138376  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  42.34 
 
 
401 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  42.46 
 
 
408 aa  230  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3849  ROK family protein  40.73 
 
 
393 aa  228  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  41.28 
 
 
395 aa  226  6e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4239  ROK family protein  40.47 
 
 
393 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0397832  normal  0.0388456 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  38.92 
 
 
436 aa  218  1e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  41.39 
 
 
413 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5946  ROK family protein  40.3 
 
 
422 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.908629  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  41.37 
 
 
408 aa  205  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1189  ROK family protein  40.82 
 
 
418 aa  188  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.708792  normal  0.0977285 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  35.49 
 
 
404 aa  180  4e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  33.42 
 
 
418 aa  166  9e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  28.39 
 
 
391 aa  164  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  31.17 
 
 
409 aa  162  9e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  28.02 
 
 
400 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  32.71 
 
 
417 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  31.09 
 
 
404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  33.07 
 
 
383 aa  152  8e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  37.18 
 
 
406 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  32.23 
 
 
448 aa  151  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  32.41 
 
 
395 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  29.4 
 
 
378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3083  ROK family protein  32.23 
 
 
407 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.048241  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  28.21 
 
 
396 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  38.16 
 
 
473 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  35.06 
 
 
397 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  36.75 
 
 
434 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  35.17 
 
 
457 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  35.51 
 
 
382 aa  144  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  32.93 
 
 
403 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  32.41 
 
 
417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  28.86 
 
 
399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  31.64 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  27.89 
 
 
398 aa  139  7e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0814  ROK family protein  29.32 
 
 
379 aa  139  7e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162994  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1123  ROK family protein  40.83 
 
 
836 aa  139  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.210366  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  25.83 
 
 
408 aa  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  35.41 
 
 
413 aa  136  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  25.32 
 
 
396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  26.97 
 
 
405 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  27.04 
 
 
416 aa  133  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  28.97 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  24.56 
 
 
410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  33.68 
 
 
387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  26.3 
 
 
434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  25.79 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  30.85 
 
 
396 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  33.33 
 
 
400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  37.36 
 
 
390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0233  ROK family protein  31.15 
 
 
385 aa  129  7.000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.207567  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  23.34 
 
 
390 aa  129  7.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  28.93 
 
 
409 aa  129  8.000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  34.55 
 
 
404 aa  129  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  32.35 
 
 
403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  27.73 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  31.62 
 
 
391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  25.56 
 
 
404 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  30.96 
 
 
389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  26.45 
 
 
364 aa  127  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  33.81 
 
 
393 aa  126  5e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3308  ROK family protein  33.33 
 
 
404 aa  126  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.18437  normal  0.715302 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  34.23 
 
 
387 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  28.31 
 
 
410 aa  125  9e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  32.82 
 
 
392 aa  125  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  31.38 
 
 
396 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  30.71 
 
 
396 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0705  ROK family protein  30.48 
 
 
374 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  32.33 
 
 
374 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  28.61 
 
 
397 aa  123  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  26.97 
 
 
404 aa  123  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  26.01 
 
 
435 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  23.9 
 
 
408 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  29.48 
 
 
422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  32.05 
 
 
410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1092  ROK family protein  31.4 
 
 
402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  31.4 
 
 
392 aa  121  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1730  transcriptional repressor of the xylose operon  31.23 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332399  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  30.41 
 
 
398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00660  transcriptional regulator/sugar kinase  34.56 
 
 
385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.182982 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  29.97 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  26.46 
 
 
383 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4488  ROK family protein  34.78 
 
 
374 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.520196  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5161  glucokinase, ROK family  34.16 
 
 
342 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.515306 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  26.61 
 
 
399 aa  120  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  32.05 
 
 
391 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  31.23 
 
 
401 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
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NC_007644  Moth_0832  glucokinase  30.91 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.618047 
 
 
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NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  24.38 
 
 
404 aa  119  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
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NC_008554  Sfum_1953  ROK family protein  33.54 
 
 
321 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.109027  normal 
 
 
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NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  25.46 
 
 
405 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal 
 
 
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NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  34.61 
 
 
401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  28.84 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
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NC_010320  Teth514_1432  ROK family protein  25.67 
 
 
381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00411657  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  28.84 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  31.51 
 
 
395 aa  117  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  28.46 
 
 
406 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  28.46 
 
 
406 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
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