More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1181 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  100 
 
 
425 aa  845    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  99.06 
 
 
425 aa  839    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  89.18 
 
 
425 aa  714    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  56.08 
 
 
414 aa  434  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  46.7 
 
 
435 aa  349  4e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  35.92 
 
 
428 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  29.38 
 
 
408 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3115  ROK domain-containing protein  31.42 
 
 
442 aa  173  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.603125  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  33.83 
 
 
401 aa  166  5e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.09 
 
 
396 aa  160  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  29.35 
 
 
383 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  33.67 
 
 
386 aa  156  7e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  31.25 
 
 
401 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  28 
 
 
416 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  32.24 
 
 
386 aa  151  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.57 
 
 
396 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  31.02 
 
 
402 aa  150  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  30 
 
 
409 aa  149  7e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7220  ROK family protein  33.54 
 
 
402 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.501197  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  24.35 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  28.57 
 
 
404 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  28.57 
 
 
405 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  32.73 
 
 
405 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  31.25 
 
 
396 aa  146  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  26.19 
 
 
385 aa  146  9e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  28.39 
 
 
425 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  30.71 
 
 
390 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  29.48 
 
 
404 aa  144  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  32.62 
 
 
404 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  33.97 
 
 
401 aa  144  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  29.75 
 
 
406 aa  143  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2951  ROK family protein  28.86 
 
 
401 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  29.75 
 
 
406 aa  143  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  30 
 
 
434 aa  143  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  30.89 
 
 
404 aa  143  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  29.75 
 
 
406 aa  143  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  29.61 
 
 
406 aa  142  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  29.75 
 
 
406 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  29.75 
 
 
406 aa  142  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  29.75 
 
 
406 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  29.75 
 
 
406 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  29.75 
 
 
406 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  30 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  29.88 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  30.3 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  29.75 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  29.09 
 
 
395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  28.99 
 
 
410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  29.62 
 
 
404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  28.39 
 
 
320 aa  140  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  30.12 
 
 
405 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3472  ROK family protein  31.81 
 
 
393 aa  140  4.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  30.21 
 
 
322 aa  140  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  30.83 
 
 
315 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  30.83 
 
 
315 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  28.01 
 
 
406 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  28.01 
 
 
406 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  28.01 
 
 
406 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  28.44 
 
 
418 aa  139  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  28.01 
 
 
406 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  28.01 
 
 
406 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1865  ROK family protein  28.79 
 
 
399 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.579561 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  29.05 
 
 
406 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  31.32 
 
 
429 aa  138  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  30.63 
 
 
405 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  30.63 
 
 
405 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1684  ROK family protein  28.57 
 
 
391 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.805279  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  33.13 
 
 
389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  32.93 
 
 
393 aa  137  4e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  29.22 
 
 
405 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  31.1 
 
 
397 aa  137  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  32.63 
 
 
387 aa  137  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  31.64 
 
 
443 aa  137  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  29.05 
 
 
406 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  29.23 
 
 
406 aa  136  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  29.36 
 
 
406 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  29.36 
 
 
406 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  26.5 
 
 
410 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  35.28 
 
 
391 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  28.13 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  27.76 
 
 
404 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  31.61 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  30 
 
 
405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  29.27 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  26.38 
 
 
399 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  34.7 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  28.21 
 
 
408 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  26.14 
 
 
408 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  28.21 
 
 
408 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  28.21 
 
 
408 aa  134  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  26.9 
 
 
407 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  28.92 
 
 
406 aa  133  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>