More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2298 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



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Alignment on homolog gene

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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  100 
 
 
391 aa  797    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  46.48 
 
 
400 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  45.73 
 
 
400 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  40.36 
 
 
417 aa  265  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  37.24 
 
 
379 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  38.35 
 
 
401 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  38.89 
 
 
401 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.294989 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  36.63 
 
 
417 aa  228  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  36.3 
 
 
409 aa  219  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  36.53 
 
 
389 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  34.11 
 
 
421 aa  192  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  31.98 
 
 
416 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  33.08 
 
 
418 aa  182  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  30.86 
 
 
417 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  32.67 
 
 
404 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  33.08 
 
 
414 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2225  ROK family protein  33.16 
 
 
422 aa  177  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0891  ROK  31.06 
 
 
413 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  31.53 
 
 
417 aa  173  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  30.38 
 
 
408 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1899  ROK  32.66 
 
 
409 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  32.29 
 
 
406 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  31.17 
 
 
410 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  32 
 
 
410 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  29.65 
 
 
409 aa  166  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  35.05 
 
 
429 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  29.34 
 
 
416 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  29.85 
 
 
411 aa  161  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  29.55 
 
 
416 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  29.55 
 
 
416 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.15 
 
 
415 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  35.82 
 
 
425 aa  160  4e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  29.28 
 
 
410 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  32.7 
 
 
386 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  32.9 
 
 
421 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  30.71 
 
 
416 aa  159  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  31.47 
 
 
415 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  31.47 
 
 
415 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  30.38 
 
 
415 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  31.22 
 
 
415 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  32.82 
 
 
407 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  32.82 
 
 
407 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  29.19 
 
 
415 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  28.79 
 
 
409 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  31.2 
 
 
402 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3351  ROK family protein  28.75 
 
 
407 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  30.38 
 
 
415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  28.93 
 
 
415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  28.24 
 
 
413 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  37.64 
 
 
414 aa  150  5e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  29.65 
 
 
376 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  28.54 
 
 
439 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  29.27 
 
 
383 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.34 
 
 
396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  28.68 
 
 
416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1372  ROK  29.46 
 
 
398 aa  146  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4501  ROK  29.84 
 
 
376 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  25.85 
 
 
410 aa  145  8.000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  31.22 
 
 
412 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  30.1 
 
 
395 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  27.15 
 
 
400 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  31.69 
 
 
412 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01930  transcriptional regulator/sugar kinase  31.39 
 
 
403 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  34.8 
 
 
401 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  33.58 
 
 
473 aa  142  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  28 
 
 
370 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  28 
 
 
370 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  36.48 
 
 
754 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  30.63 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  32.95 
 
 
412 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.476494 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.96 
 
 
408 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  26.89 
 
 
404 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  30.13 
 
 
396 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  29.08 
 
 
382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  29.89 
 
 
391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1654  ROK  30.58 
 
 
420 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  35.06 
 
 
427 aa  136  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  28.67 
 
 
396 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  29.22 
 
 
383 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  31 
 
 
398 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  29.9 
 
 
422 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  26.5 
 
 
399 aa  134  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.96 
 
 
414 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  32.39 
 
 
401 aa  130  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01250  transcriptional regulator/sugar kinase  27.91 
 
 
424 aa  130  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  29.57 
 
 
374 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  28.42 
 
 
403 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  32.17 
 
 
389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  27.51 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  26.63 
 
 
378 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  27.57 
 
 
405 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  29.6 
 
 
402 aa  126  7e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3037  ROK family protein  24.94 
 
 
381 aa  126  8.000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00862886  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  29.17 
 
 
397 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  29.03 
 
 
393 aa  125  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  28.27 
 
 
382 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  31.87 
 
 
417 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  30.86 
 
 
390 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
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NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  30.1 
 
 
397 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
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NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  26.39 
 
 
434 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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