More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2620 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  89.18 
 
 
425 aa  735    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  89.18 
 
 
425 aa  734    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  100 
 
 
425 aa  840    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  56.34 
 
 
414 aa  434  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  46.29 
 
 
435 aa  349  5e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  35.79 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  29.66 
 
 
408 aa  187  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  34.49 
 
 
401 aa  172  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3115  ROK domain-containing protein  32 
 
 
442 aa  172  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.603125  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  34.08 
 
 
386 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  29.35 
 
 
383 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  33.43 
 
 
386 aa  155  9e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  32.55 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  31.96 
 
 
390 aa  154  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.07 
 
 
400 aa  153  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  26.8 
 
 
396 aa  152  8e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  33.43 
 
 
404 aa  152  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  31.02 
 
 
402 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  28.62 
 
 
416 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  29.79 
 
 
409 aa  151  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  31.1 
 
 
410 aa  150  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  28.75 
 
 
425 aa  146  7.0000000000000006e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  33.23 
 
 
405 aa  146  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.9 
 
 
396 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7220  ROK family protein  34.9 
 
 
402 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.501197  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  37.73 
 
 
391 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  31.85 
 
 
396 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  34.78 
 
 
393 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  28.98 
 
 
395 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  29.79 
 
 
404 aa  143  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  30.72 
 
 
406 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  30.72 
 
 
406 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  30.72 
 
 
406 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  29.7 
 
 
405 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  29.16 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  28.25 
 
 
410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  30.51 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  30.09 
 
 
404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  32.68 
 
 
429 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  30.51 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  30.51 
 
 
406 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  31.44 
 
 
389 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  32.11 
 
 
405 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  30.03 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  30.03 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  30.03 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  30.03 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  30.03 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  29 
 
 
418 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  30.03 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  29.91 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  33.33 
 
 
401 aa  140  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3472  ROK family protein  32.58 
 
 
393 aa  140  4.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  26.63 
 
 
399 aa  140  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  26.19 
 
 
385 aa  140  6e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  35.13 
 
 
397 aa  139  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  29 
 
 
434 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  28.7 
 
 
405 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  30.42 
 
 
406 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  29.23 
 
 
407 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  27.89 
 
 
398 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  30.42 
 
 
406 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  37.09 
 
 
473 aa  138  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3092  glucokinase  36.23 
 
 
352 aa  138  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  30 
 
 
405 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  29.18 
 
 
404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  32.93 
 
 
387 aa  137  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  29.82 
 
 
405 aa  137  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  33.83 
 
 
448 aa  137  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  32.02 
 
 
443 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  30.91 
 
 
405 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  33.73 
 
 
417 aa  136  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  31.36 
 
 
405 aa  136  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  29.08 
 
 
406 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  29.08 
 
 
406 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  29.79 
 
 
405 aa  136  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  29.08 
 
 
406 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  29.08 
 
 
406 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  29.08 
 
 
406 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  30.59 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  30.49 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  33.73 
 
 
389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  30.51 
 
 
405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  27.78 
 
 
407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  30.51 
 
 
405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  24.35 
 
 
391 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0992  ROK family glucokinase  29.85 
 
 
312 aa  134  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  31.91 
 
 
397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  27.59 
 
 
320 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.61 
 
 
414 aa  134  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  33.63 
 
 
401 aa  133  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  27.54 
 
 
400 aa  133  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>