More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4652 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  100 
 
 
422 aa  816    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  50.37 
 
 
429 aa  346  5e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  43 
 
 
397 aa  279  7e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  40.99 
 
 
404 aa  250  4e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  39.74 
 
 
387 aa  239  5e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  39.21 
 
 
400 aa  238  1e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  37.06 
 
 
389 aa  229  7e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  36.39 
 
 
401 aa  222  7e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  36.7 
 
 
393 aa  220  3e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  35.22 
 
 
395 aa  205  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  35.85 
 
 
401 aa  205  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27980  transcriptional regulator/sugar kinase  36.32 
 
 
420 aa  201  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0812883  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  33.82 
 
 
396 aa  201  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  32.5 
 
 
402 aa  196  6e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  35.34 
 
 
418 aa  194  3e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  33.58 
 
 
396 aa  193  5e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  36.53 
 
 
408 aa  187  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  36.46 
 
 
503 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  36.9 
 
 
392 aa  186  7e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  33.67 
 
 
396 aa  184  3e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  34.49 
 
 
402 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  35.96 
 
 
410 aa  181  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  34.87 
 
 
395 aa  179  8e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  35.28 
 
 
406 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  32.38 
 
 
391 aa  176  9e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  33.78 
 
 
395 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  32.28 
 
 
414 aa  173  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  27.59 
 
 
405 aa  171  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  33.6 
 
 
386 aa  170  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  34.01 
 
 
418 aa  169  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  28.68 
 
 
395 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  33.16 
 
 
395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  33.33 
 
 
443 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  26.17 
 
 
408 aa  162  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  27.63 
 
 
402 aa  162  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  26.85 
 
 
396 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0018  ROK family protein  33.44 
 
 
321 aa  161  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  25.5 
 
 
410 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  31.95 
 
 
428 aa  161  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  31.9 
 
 
389 aa  159  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2765  ROK family protein  33.25 
 
 
410 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0825037  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  29.38 
 
 
383 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  28.57 
 
 
389 aa  157  3e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3061  transcriptional regulator, ROK family  34.67 
 
 
407 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.756873  normal  0.372783 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  34.12 
 
 
403 aa  157  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  30.39 
 
 
398 aa  156  6e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  27.41 
 
 
397 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.05 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4053  ROK family protein  34.86 
 
 
405 aa  154  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  31.94 
 
 
393 aa  152  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  33.6 
 
 
401 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  24.94 
 
 
364 aa  151  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  31.06 
 
 
420 aa  151  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.32 
 
 
391 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  27.07 
 
 
401 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  30.58 
 
 
427 aa  150  4e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  27.39 
 
 
409 aa  150  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  26.03 
 
 
400 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  26.28 
 
 
378 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1363  ROK family protein  35.97 
 
 
314 aa  147  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0520337  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1323  ROK family protein  35.97 
 
 
314 aa  147  3e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000170604  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  31.55 
 
 
398 aa  146  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  32.23 
 
 
390 aa  146  6e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  26.52 
 
 
399 aa  146  6e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  32.46 
 
 
417 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  28.41 
 
 
390 aa  144  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  32.06 
 
 
448 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  25.81 
 
 
399 aa  143  6e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  30 
 
 
405 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  25.44 
 
 
400 aa  142  8e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  25.86 
 
 
407 aa  142  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  29.08 
 
 
399 aa  142  9e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  32.75 
 
 
405 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  28.86 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  25.67 
 
 
410 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0088  ROK family protein  30.06 
 
 
313 aa  142  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  34.15 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  29.48 
 
 
417 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.93 
 
 
396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  28.97 
 
 
434 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  29.11 
 
 
322 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1908  glucokinase, putative  28.48 
 
 
313 aa  137  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  29.21 
 
 
404 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  27.87 
 
 
417 aa  136  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1141  ROK family protein  32.21 
 
 
308 aa  136  9e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  32.43 
 
 
408 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  30.12 
 
 
414 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5161  glucokinase, ROK family  34.26 
 
 
342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.515306 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3798  ROK family protein  28.02 
 
 
405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3063  ROK family protein  33.77 
 
 
392 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.272039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  28.16 
 
 
396 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  28.65 
 
 
406 aa  132  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  34.61 
 
 
401 aa  132  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  28.65 
 
 
406 aa  132  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  28.65 
 
 
406 aa  132  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0037  ROK family protein  28.88 
 
 
317 aa  132  9e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  28.65 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  28.65 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  31.33 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
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NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  28.65 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
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