More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_09540 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



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Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

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Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  100 
 
 
427 aa  854    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  60.24 
 
 
443 aa  478  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  55.71 
 
 
420 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  43.81 
 
 
402 aa  300  3e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  45.03 
 
 
390 aa  289  7e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  40.83 
 
 
389 aa  286  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  45.83 
 
 
395 aa  282  7.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  45.6 
 
 
395 aa  282  7.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  44.99 
 
 
389 aa  277  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  41.93 
 
 
410 aa  276  5e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  45.31 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  46.35 
 
 
503 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  42.19 
 
 
406 aa  271  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  40.2 
 
 
389 aa  257  3e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4782  ROK family protein  37.53 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.203146  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  38.25 
 
 
372 aa  253  4.0000000000000004e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2885  ROK family protein  40.1 
 
 
409 aa  252  1e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4053  ROK family protein  42.25 
 
 
405 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8260  ROK family protein  42.63 
 
 
393 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00405696 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5336  ROK family protein  42.89 
 
 
392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  39.44 
 
 
395 aa  239  5e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  42.19 
 
 
403 aa  233  5e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6292  ROK family protein  41.51 
 
 
372 aa  226  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.360789  normal  0.0986994 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  35.88 
 
 
381 aa  210  5e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  35.88 
 
 
381 aa  208  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  37.73 
 
 
395 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0665  ROK family protein  38.54 
 
 
392 aa  204  3e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4888  ROK family protein  38.23 
 
 
392 aa  204  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1841  ROK family protein  36.5 
 
 
394 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  34.97 
 
 
408 aa  192  9e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3798  ROK family protein  35.51 
 
 
405 aa  192  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1741  ROK family protein  37.47 
 
 
392 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00402921  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  29.61 
 
 
410 aa  174  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  29.66 
 
 
395 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  32.31 
 
 
384 aa  169  9e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  32.38 
 
 
401 aa  168  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  30.1 
 
 
402 aa  167  2e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.94 
 
 
414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  32.9 
 
 
418 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  33.24 
 
 
401 aa  163  7e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  28.83 
 
 
396 aa  159  9e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2991  ROK family glucokinase  31.13 
 
 
327 aa  158  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.922063  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  30.39 
 
 
409 aa  156  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  31.25 
 
 
404 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1672  ROK family protein  32.41 
 
 
429 aa  155  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0559193  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4116  ROK family glucokinase  30.82 
 
 
327 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.5 
 
 
408 aa  154  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  30.41 
 
 
389 aa  153  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  27.23 
 
 
391 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0049  ROK family glucokinase  30.91 
 
 
315 aa  153  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00642511  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4343  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4165  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131693  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4004  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4014  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0552724  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4283  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4487  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.693624  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4396  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0857  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4377  glucokinase  30.5 
 
 
327 aa  152  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  28.5 
 
 
396 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  30.58 
 
 
422 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  30.97 
 
 
393 aa  150  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  28.68 
 
 
399 aa  149  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  33.33 
 
 
400 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  32.28 
 
 
410 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  27.46 
 
 
399 aa  147  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0018  ROK family protein  31.01 
 
 
321 aa  145  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  25.14 
 
 
408 aa  144  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  27.49 
 
 
401 aa  143  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0259  transcriptional regulator  32.04 
 
 
336 aa  143  6e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5489  ROK family protein  30.69 
 
 
321 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.269543 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  25.88 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  30.48 
 
 
387 aa  140  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5226  ROK family protein  30.32 
 
 
321 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27980  transcriptional regulator/sugar kinase  29.69 
 
 
420 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0812883  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0195  glucokinase, ROK family  32.14 
 
 
317 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  29.56 
 
 
414 aa  138  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3188  ROK family protein  28.75 
 
 
318 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00496766  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5161  glucokinase, ROK family  34.17 
 
 
342 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.515306 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  27.6 
 
 
400 aa  138  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  30.91 
 
 
397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  29.26 
 
 
407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  27.11 
 
 
416 aa  137  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  23.43 
 
 
402 aa  137  5e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3865  glucokinase  29.78 
 
 
347 aa  136  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0174  ROK family protein  37.13 
 
 
406 aa  136  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  28.23 
 
 
405 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1566  ROK family protein  34.87 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  26.9 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  26.9 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  27.15 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_16050  glucokinase  29.58 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  29.35 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  26.22 
 
 
389 aa  135  9.999999999999999e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
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NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  28.49 
 
 
434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  28.66 
 
 
320 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
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NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  30.27 
 
 
418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007644  Moth_0832  glucokinase  29.3 
 
 
315 aa  133  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.618047 
 
 
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NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  25.81 
 
 
404 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  29.01 
 
 
429 aa  133  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
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