More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4867 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  100 
 
 
389 aa  780    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  67.47 
 
 
372 aa  503  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  40.83 
 
 
427 aa  286  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2885  ROK family protein  46.68 
 
 
409 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  43.88 
 
 
443 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  45.91 
 
 
389 aa  268  1e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8260  ROK family protein  46.7 
 
 
393 aa  267  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00405696 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  42.25 
 
 
420 aa  251  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  39.73 
 
 
503 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  40.85 
 
 
390 aa  248  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  39.08 
 
 
410 aa  245  8e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  39.14 
 
 
406 aa  243  5e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  39.52 
 
 
402 aa  237  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  38.54 
 
 
395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  37.2 
 
 
395 aa  227  3e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5336  ROK family protein  39.84 
 
 
392 aa  226  4e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  37.17 
 
 
392 aa  224  1e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  40 
 
 
403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4053  ROK family protein  38.81 
 
 
405 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  34.66 
 
 
381 aa  192  8e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  34.04 
 
 
389 aa  189  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  32.2 
 
 
408 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  34.31 
 
 
381 aa  186  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6292  ROK family protein  36.65 
 
 
372 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.360789  normal  0.0986994 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  32.04 
 
 
395 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  28.15 
 
 
391 aa  175  9e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  28.37 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  32.6 
 
 
322 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  31.71 
 
 
409 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  33.61 
 
 
395 aa  171  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  31.35 
 
 
384 aa  170  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  28.61 
 
 
408 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  31.21 
 
 
315 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  31.21 
 
 
315 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  28.46 
 
 
410 aa  167  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0049  ROK family glucokinase  29.39 
 
 
315 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00642511  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  31.01 
 
 
395 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  27.42 
 
 
404 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  28.34 
 
 
396 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  31.89 
 
 
389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  26.04 
 
 
402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_49  transcriptional regulator/sugar kinase  33.01 
 
 
334 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0340377  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0049  ROK family protein  32.19 
 
 
336 aa  162  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.331576  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0018  ROK family protein  31.35 
 
 
321 aa  162  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  32.5 
 
 
320 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0832  glucokinase  32.28 
 
 
315 aa  160  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.618047 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  31.88 
 
 
417 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  29.84 
 
 
396 aa  160  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  32.06 
 
 
417 aa  160  4e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1690  ROK family protein  30.72 
 
 
332 aa  160  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4782  ROK family protein  32.09 
 
 
455 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.203146  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  32.9 
 
 
404 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.69 
 
 
383 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  30.1 
 
 
400 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0046  glucokinase  32.58 
 
 
335 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00210983  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2991  ROK family glucokinase  28.97 
 
 
327 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.922063  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  31.98 
 
 
397 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4888  ROK family protein  31.56 
 
 
392 aa  156  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0857  glucokinase  28.66 
 
 
327 aa  155  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4343  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4165  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131693  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4004  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4014  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0552724  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4283  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4487  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.693624  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1741  ROK family protein  33.86 
 
 
392 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00402921  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4377  glucokinase  28.66 
 
 
327 aa  155  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4396  glucokinase  28.35 
 
 
327 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  27.63 
 
 
401 aa  153  5e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1217  ROK family protein  28.34 
 
 
316 aa  151  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5226  ROK family protein  32.06 
 
 
321 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515111  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  27.76 
 
 
425 aa  151  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5489  ROK family protein  33.1 
 
 
321 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.269543 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  27.75 
 
 
402 aa  150  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  33 
 
 
401 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  31.71 
 
 
410 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4116  ROK family glucokinase  28.04 
 
 
327 aa  149  7e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3188  ROK family protein  30.77 
 
 
318 aa  149  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00496766  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2512  ROK family protein  32.62 
 
 
340 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.615457  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3798  ROK family protein  30.56 
 
 
405 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  28.65 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  28.09 
 
 
404 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  32.88 
 
 
418 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0037  ROK family protein  27.1 
 
 
317 aa  147  4.0000000000000006e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  29.35 
 
 
405 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0665  ROK family protein  32.47 
 
 
392 aa  146  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  29.46 
 
 
393 aa  146  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0088  ROK family protein  29.06 
 
 
313 aa  146  5e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  30.66 
 
 
418 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  29.35 
 
 
434 aa  146  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3865  glucokinase  30.43 
 
 
347 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  30.75 
 
 
414 aa  145  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  30.65 
 
 
417 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1672  ROK family protein  30.05 
 
 
429 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0559193  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2309  glucokinase  28.89 
 
 
323 aa  143  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00114411  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0259  transcriptional regulator  31.68 
 
 
336 aa  143  6e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1507  ROK (repressor, ORF, kinase) family protein  32.5 
 
 
319 aa  142  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000453151  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  28.53 
 
 
404 aa  142  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2754  ROK family protein  32.43 
 
 
332 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  29.39 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>