More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_34830 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  100 
 
 
384 aa  756    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  37.23 
 
 
410 aa  222  9e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  35.17 
 
 
406 aa  210  3e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1672  ROK family protein  36.94 
 
 
429 aa  209  4e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0559193  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  37.37 
 
 
403 aa  201  9.999999999999999e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  35.7 
 
 
395 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  35.64 
 
 
402 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  36.7 
 
 
395 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4888  ROK family protein  37.17 
 
 
392 aa  193  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  35.54 
 
 
392 aa  192  7e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  36.24 
 
 
389 aa  188  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  34.4 
 
 
503 aa  187  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  36.28 
 
 
390 aa  182  9.000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  31.4 
 
 
372 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0174  ROK family protein  36.53 
 
 
406 aa  177  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4053  ROK family protein  35.81 
 
 
405 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  35.36 
 
 
395 aa  173  5.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.8 
 
 
408 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  33.67 
 
 
443 aa  172  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  31.35 
 
 
389 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  32.31 
 
 
427 aa  169  8e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  33.94 
 
 
395 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4335  ROK family protein  32.13 
 
 
381 aa  164  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.306469  normal  0.0512746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4777  ROK family protein  32.69 
 
 
381 aa  164  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000235996 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6292  ROK family protein  35.5 
 
 
372 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.360789  normal  0.0986994 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1841  ROK family protein  34.91 
 
 
394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  31.25 
 
 
420 aa  155  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5336  ROK family protein  36.41 
 
 
392 aa  152  8.999999999999999e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  27.82 
 
 
396 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  34.04 
 
 
389 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  27.64 
 
 
391 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8260  ROK family protein  32.34 
 
 
393 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00405696 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0665  ROK family protein  32.11 
 
 
392 aa  142  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3798  ROK family protein  31.3 
 
 
405 aa  140  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  31.76 
 
 
408 aa  139  6e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1741  ROK family protein  35.31 
 
 
392 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00402921  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  29.2 
 
 
425 aa  138  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  29.58 
 
 
414 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  32.21 
 
 
401 aa  137  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  32.98 
 
 
429 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  26.15 
 
 
410 aa  135  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  29.89 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  28.79 
 
 
408 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  29 
 
 
398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  26.04 
 
 
396 aa  134  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  29.43 
 
 
405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  26.17 
 
 
401 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2885  ROK family protein  30.35 
 
 
409 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  31.45 
 
 
389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  29.07 
 
 
389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  32.43 
 
 
397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  23.59 
 
 
408 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  24.93 
 
 
402 aa  129  7.000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  26.65 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  32.36 
 
 
418 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  25.35 
 
 
364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  29.57 
 
 
396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  29.52 
 
 
396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  24.86 
 
 
407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  27.06 
 
 
417 aa  127  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  32.5 
 
 
404 aa  126  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  22.22 
 
 
405 aa  126  8.000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  26.53 
 
 
405 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  32.23 
 
 
393 aa  125  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  25.73 
 
 
434 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  30.93 
 
 
404 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  29.49 
 
 
387 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  27.76 
 
 
409 aa  125  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  26.47 
 
 
383 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  34.66 
 
 
398 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  32.43 
 
 
401 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  26.44 
 
 
400 aa  123  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  27.75 
 
 
406 aa  123  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  30.72 
 
 
405 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  28 
 
 
400 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  26.88 
 
 
428 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  25.86 
 
 
404 aa  122  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  29.53 
 
 
410 aa  122  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  26.22 
 
 
395 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  28.69 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0868  ROK family protein  31.29 
 
 
400 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.826865  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  25.39 
 
 
404 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  26.81 
 
 
407 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  29.24 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
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NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  24.81 
 
 
400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  27.2 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  27.2 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  27.2 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  27.2 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  27.2 
 
 
406 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
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NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  27.01 
 
 
402 aa  119  7.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011368  Rleg2_4782  ROK family protein  28.8 
 
 
455 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.203146  normal 
 
 
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