More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1923 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  100 
 
 		 389 aa  763    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  62.24 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  49.6 
 
 		 401 aa  332  5e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  42.37 
 
 		 402 aa  293  3e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  46.07 
 
 		 393 aa  291  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  44.74 
 
 		 401 aa  286  5.999999999999999e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  45.89 
 
 		 418 aa  282  7.000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27980  transcriptional regulator/sugar kinase  44.21 
 
 		 420 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0812883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  42.93 
 
 		 404 aa  253  4.0000000000000004e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  41.42 
 
 		 396 aa  248  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  40.83 
 
 		 387 aa  241  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  40.48 
 
 		 396 aa  236  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  35.56 
 
 		 389 aa  229  5e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  36.32 
 
 		 422 aa  228  1e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  39.13 
 
 		 395 aa  222  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  38.66 
 
 		 400 aa  219  7.999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  36.22 
 
 		 391 aa  216  4e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  38.44 
 
 		 397 aa  213  3.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  38.11 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2765  ROK family protein  38.11 
 
 		 410 aa  206  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0825037  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  37.37 
 
 		 408 aa  190  4e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  36.08 
 
 		 393 aa  187  3e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  28.97 
 
 		 410 aa  185  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  35.26 
 
 		 410 aa  179  9e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  35.75 
 
 		 503 aa  179  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  35.71 
 
 		 406 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  35.29 
 
 		 402 aa  176  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  31.49 
 
 		 414 aa  176  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  31.69 
 
 		 420 aa  176  9e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  33 
 
 		 407 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  31.81 
 
 		 406 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  31.99 
 
 		 406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  32.32 
 
 		 407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  31.03 
 
 		 434 aa  173  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  36.27 
 
 		 443 aa  172  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  28.5 
 
 		 402 aa  171  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.75 
 
 		 391 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  29.55 
 
 		 407 aa  169  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  30.15 
 
 		 416 aa  169  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  30.36 
 
 		 405 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  29.55 
 
 		 407 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  31.23 
 
 		 406 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  31.23 
 
 		 406 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  30.98 
 
 		 406 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  31.23 
 
 		 406 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  31.23 
 
 		 406 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  31.23 
 
 		 406 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.79 
 
 		 408 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  30.03 
 
 		 400 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  31.89 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  30.81 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  30.81 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  30.81 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  30.47 
 
 		 395 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  33.33 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  29.72 
 
 		 397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  30.05 
 
 		 383 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  27.57 
 
 		 396 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  27.54 
 
 		 396 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2885  ROK family protein  33.07 
 
 		 409 aa  159  8e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  32.99 
 
 		 395 aa  158  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  28.91 
 
 		 404 aa  159  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  27.49 
 
 		 404 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  31.01 
 
 		 405 aa  156  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  25.84 
 
 		 408 aa  156  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3063  ROK family protein  36.62 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.272039 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  27.82 
 
 		 404 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  30.41 
 
 		 427 aa  153  4e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  29.89 
 
 		 405 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 404 aa  152  7e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  25.68 
 
 		 408 aa  152  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  29.79 
 
 		 398 aa  152  8e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  28.3 
 
 		 406 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  29.52 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4206  ROK family protein  33.15 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0206  NagC family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.520067  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  28.3 
 
 		 406 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  30.66 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  33.51 
 
 		 395 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  27.71 
 
 		 399 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  29.82 
 
 		 399 aa  150  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  32.53 
 
 		 389 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  30.1 
 
 		 418 aa  150  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  28.41 
 
 		 406 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  28.41 
 
 		 406 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  32.98 
 
 		 395 aa  149  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  34.05 
 
 		 392 aa  149  6e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  29.91 
 
 		 405 aa  149  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4339  glucokinase  31.73 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  28.13 
 
 		 406 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  33.25 
 
 		 417 aa  147  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>