More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3264 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  100 
 
 
387 aa  736    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  53.4 
 
 
400 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  48.04 
 
 
404 aa  288  1e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  45.38 
 
 
401 aa  280  3e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2781  ROK family protein  46.26 
 
 
391 aa  276  4e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000764975  hitchhiker  0.000282521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  43.58 
 
 
397 aa  256  4e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  39.84 
 
 
402 aa  253  3e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27980  transcriptional regulator/sugar kinase  44.79 
 
 
420 aa  251  1e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0812883  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  42.49 
 
 
429 aa  248  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  40.83 
 
 
389 aa  241  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  41.73 
 
 
401 aa  239  4e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  42.93 
 
 
418 aa  239  5.999999999999999e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  39.49 
 
 
422 aa  239  8e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  41.69 
 
 
393 aa  233  5e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  39.63 
 
 
395 aa  221  9.999999999999999e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  37.63 
 
 
396 aa  219  6e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  38.13 
 
 
396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  37.82 
 
 
396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  34.63 
 
 
389 aa  204  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  39.58 
 
 
393 aa  199  6e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  36.46 
 
 
402 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  37.5 
 
 
406 aa  188  1e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  36.94 
 
 
410 aa  183  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  36.77 
 
 
395 aa  182  7e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2765  ROK family protein  37.78 
 
 
410 aa  179  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0825037  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3063  ROK family protein  39.47 
 
 
392 aa  179  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.272039 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  27.89 
 
 
410 aa  170  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  35.05 
 
 
503 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  37.58 
 
 
408 aa  167  4e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  37.57 
 
 
390 aa  166  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  30.47 
 
 
414 aa  164  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5336  ROK family protein  36.48 
 
 
392 aa  164  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.955979 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  38.1 
 
 
390 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  35.91 
 
 
392 aa  161  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  32.22 
 
 
418 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4053  ROK family protein  36.11 
 
 
405 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  29.95 
 
 
409 aa  158  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2298  ROK family protein  36.73 
 
 
389 aa  157  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000166992  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  29.9 
 
 
399 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  27.34 
 
 
391 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8260  ROK family protein  36.89 
 
 
393 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00405696 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  33.69 
 
 
389 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  30.67 
 
 
420 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  35.36 
 
 
443 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  35.39 
 
 
403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3061  transcriptional regulator, ROK family  35.31 
 
 
407 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.756873  normal  0.372783 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  26.57 
 
 
400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  36.13 
 
 
448 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  26.6 
 
 
397 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  34.17 
 
 
374 aa  152  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  32.09 
 
 
398 aa  150  5e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  25.62 
 
 
396 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  27.32 
 
 
399 aa  149  8e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1821  ROK family protein  37.14 
 
 
318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  32.12 
 
 
395 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  29.34 
 
 
395 aa  146  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  27.57 
 
 
364 aa  145  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  31.49 
 
 
428 aa  145  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2885  ROK family protein  32.9 
 
 
409 aa  143  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  25.58 
 
 
402 aa  142  7e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1092  ROK family protein  31.37 
 
 
402 aa  142  8e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  25.38 
 
 
408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  28.76 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  30.65 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.29 
 
 
396 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  29.13 
 
 
315 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  29.13 
 
 
315 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  30.48 
 
 
427 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  30.29 
 
 
389 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3865  glucokinase  31.56 
 
 
347 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  34.57 
 
 
420 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  27.11 
 
 
405 aa  139  7e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  30.67 
 
 
397 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0832  glucokinase  31.72 
 
 
315 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.618047 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  27.13 
 
 
405 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.23 
 
 
383 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  34.34 
 
 
395 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  31.99 
 
 
395 aa  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  28.49 
 
 
410 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  29.18 
 
 
386 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  26.17 
 
 
405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  31.5 
 
 
417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  32.55 
 
 
425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0688  ROK family protein  25.4 
 
 
387 aa  136  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  29.84 
 
 
414 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  25.85 
 
 
406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  25.85 
 
 
406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  28.79 
 
 
417 aa  136  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  34.75 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2994  ROK family protein  26.05 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.496258  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  25.91 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  29.87 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  25.85 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  25.77 
 
 
407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>