More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0788 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  100 
 
 
406 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  94.33 
 
 
406 aa  781    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  77.34 
 
 
408 aa  657    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  100 
 
 
406 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  77.09 
 
 
408 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  100 
 
 
406 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  100 
 
 
406 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  100 
 
 
406 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  91.88 
 
 
406 aa  743    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  77.34 
 
 
408 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  94.33 
 
 
406 aa  781    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  81.28 
 
 
406 aa  686    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  75.37 
 
 
407 aa  630  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  74.88 
 
 
407 aa  630  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  74.38 
 
 
407 aa  627  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  73.15 
 
 
407 aa  619  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  63.05 
 
 
404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  60.6 
 
 
404 aa  504  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  60.85 
 
 
404 aa  502  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  60.6 
 
 
404 aa  503  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  44.81 
 
 
408 aa  362  6e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  43.64 
 
 
405 aa  344  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  43.39 
 
 
434 aa  343  2.9999999999999997e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  42.64 
 
 
405 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  43.46 
 
 
416 aa  334  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  42.18 
 
 
405 aa  319  7e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  42.18 
 
 
405 aa  319  7e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  40.85 
 
 
405 aa  318  7.999999999999999e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  39.6 
 
 
405 aa  317  2e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  40.65 
 
 
407 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  40.9 
 
 
406 aa  316  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  40.75 
 
 
405 aa  316  5e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  40.9 
 
 
406 aa  316  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  40.9 
 
 
406 aa  316  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  39.6 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  40.65 
 
 
406 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  40.65 
 
 
406 aa  312  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  41 
 
 
406 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  41 
 
 
406 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  41 
 
 
406 aa  310  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  40.75 
 
 
406 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  40.85 
 
 
405 aa  305  7e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  30.87 
 
 
408 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  30.54 
 
 
410 aa  188  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  27.7 
 
 
391 aa  186  9e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  30.1 
 
 
396 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  27 
 
 
400 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  30.46 
 
 
396 aa  177  4e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  29.91 
 
 
410 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  29.06 
 
 
383 aa  170  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  29.05 
 
 
388 aa  169  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  31.23 
 
 
389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  29.79 
 
 
393 aa  164  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  29.49 
 
 
401 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  29.01 
 
 
398 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  27.27 
 
 
385 aa  160  3e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  27.5 
 
 
407 aa  159  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  29.49 
 
 
395 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  30.26 
 
 
409 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27980  transcriptional regulator/sugar kinase  29.92 
 
 
420 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0812883  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  29.35 
 
 
403 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  28.13 
 
 
399 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  29.43 
 
 
397 aa  150  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  28.34 
 
 
386 aa  149  6e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  30.74 
 
 
315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  30.74 
 
 
315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  26.15 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  30.23 
 
 
408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  29.23 
 
 
418 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  27.81 
 
 
418 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  28.43 
 
 
399 aa  146  6e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  28.07 
 
 
390 aa  145  9e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  27.65 
 
 
404 aa  145  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  25.33 
 
 
378 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  27.15 
 
 
364 aa  144  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  27.25 
 
 
402 aa  143  5e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  30.08 
 
 
395 aa  143  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  28.61 
 
 
390 aa  143  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  29.94 
 
 
320 aa  143  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  27.74 
 
 
386 aa  143  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  24.81 
 
 
428 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0206  NagC family transcriptional regulator  29.25 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.520067  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  29.28 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  28.01 
 
 
425 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  28.18 
 
 
408 aa  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  28.01 
 
 
425 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0316  ROK family protein  24.87 
 
 
388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  27.86 
 
 
435 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>