More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2166 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  100 
 
 		 370 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  100 
 
 		 370 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1485  ROK family protein  33.33 
 
 		 385 aa  176  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177239  normal  0.920593 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  28.15 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  30.54 
 
 		 418 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  28.73 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  26.44 
 
 		 410 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  28.75 
 
 		 367 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  29.75 
 
 		 376 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4501  ROK  28.93 
 
 		 376 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  29.7 
 
 		 417 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  28.66 
 
 		 391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5249  transcriptional regulator ROK family  27.95 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  28.35 
 
 		 400 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  28.27 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  28.35 
 
 		 400 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  29.3 
 
 		 396 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  27.73 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  27.51 
 
 		 416 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  26.8 
 
 		 395 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 416 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  27.51 
 
 		 416 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  26.87 
 
 		 389 aa  116  7.999999999999999e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  25.69 
 
 		 383 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  29.57 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  25.9 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  26.16 
 
 		 382 aa  114  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  27.76 
 
 		 374 aa  113  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1344  ROK family protein  30.18 
 
 		 367 aa  113  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0409693  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0337  ROK domain-containing protein  22.35 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  28.53 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  28.46 
 
 		 401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  29.13 
 
 		 429 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  28.1 
 
 		 425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  26.12 
 
 		 416 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  27.11 
 
 		 410 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
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NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  27.42 
 
 		 754 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  25.34 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  27.25 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  26.97 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  26.97 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  25.59 
 
 		 396 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  27.82 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  27.45 
 
 		 389 aa  106  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
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NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  27.42 
 
 		 439 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  26.69 
 
 		 415 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
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NC_007347  Reut_A1654  ROK  25.65 
 
 		 420 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  29.17 
 
 		 417 aa  105  9e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
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NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  26.91 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  26.13 
 
 		 421 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  28.45 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  25.53 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  27.13 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.294989 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  26.12 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_1372  ROK  25.07 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  27.37 
 
 		 416 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
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NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  26.1 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  26.01 
 
 		 409 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  26.86 
 
 		 411 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1899  ROK  24.87 
 
 		 409 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  25.34 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  27.24 
 
 		 417 aa  101  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  27.38 
 
 		 409 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  30.12 
 
 		 398 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  28.76 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0891  ROK  26.46 
 
 		 413 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  25.53 
 
 		 414 aa  99.8  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  28.49 
 
 		 413 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  25.61 
 
 		 415 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  24.14 
 
 		 404 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  32.41 
 
 		 473 aa  97.1  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  24.61 
 
 		 414 aa  97.4  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  25.07 
 
 		 415 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 407 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  27.03 
 
 		 407 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  25.93 
 
 		 416 aa  95.9  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0575  ROK family protein  32.02 
 
 		 420 aa  95.9  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.193602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  26.23 
 
 		 412 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  25.21 
 
 		 390 aa  95.5  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  28.95 
 
 		 418 aa  94.7  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  25.88 
 
 		 429 aa  94.7  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  27.43 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1381  ROK family protein  27.27 
 
 		 427 aa  94.4  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.917088  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  28.22 
 
 		 420 aa  93.6  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  30.51 
 
 		 448 aa  93.6  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  23.96 
 
 		 414 aa  93.6  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  25.53 
 
 		 408 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  32.76 
 
 		 400 aa  93.2  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  24.46 
 
 		 392 aa  93.2  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  25.23 
 
 		 421 aa  92.8  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  28.33 
 
 		 402 aa  92.8  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
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NC_007644  Moth_0421  ROK  27.97 
 
 		 410 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
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NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  22.69 
 
 		 399 aa  92.4  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  29.09 
 
 		 404 aa  92.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5363  ROK family protein  25.88 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.158793  normal  0.68624 
 
 
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NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  23.64 
 
 		 410 aa  92  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
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NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  27.23 
 
 		 425 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  27.66 
 
 		 425 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  22.36 
 
 		 396 aa  90.9  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  24.42 
 
 		 410 aa  89.7  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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