More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0488 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  100 
 
 
408 aa  823    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  44.81 
 
 
407 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  45.06 
 
 
407 aa  365  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  44.3 
 
 
407 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  44.81 
 
 
406 aa  364  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  44.05 
 
 
407 aa  363  3e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  44.81 
 
 
406 aa  362  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  44.81 
 
 
406 aa  362  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  44.81 
 
 
406 aa  362  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  44.81 
 
 
406 aa  362  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  44.81 
 
 
406 aa  362  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  45.06 
 
 
408 aa  360  3e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  45.06 
 
 
408 aa  360  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  44.86 
 
 
404 aa  358  7e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  44.56 
 
 
406 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  44.81 
 
 
408 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  45.2 
 
 
404 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  43.52 
 
 
406 aa  350  2e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  44.19 
 
 
404 aa  350  3e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  44.19 
 
 
404 aa  347  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  42.13 
 
 
405 aa  330  3e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  41.88 
 
 
405 aa  327  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  41.62 
 
 
434 aa  326  5e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  41.52 
 
 
416 aa  321  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  34.26 
 
 
405 aa  271  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  34.51 
 
 
405 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  33.17 
 
 
407 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  33.58 
 
 
406 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  33.42 
 
 
406 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  33.58 
 
 
406 aa  261  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  33.58 
 
 
406 aa  261  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  33.58 
 
 
406 aa  260  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  33.58 
 
 
406 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  33.58 
 
 
406 aa  260  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  33.58 
 
 
406 aa  260  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  33.58 
 
 
406 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  33.58 
 
 
406 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  32.31 
 
 
405 aa  259  6e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  33.17 
 
 
406 aa  259  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  33.17 
 
 
406 aa  259  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  33.17 
 
 
406 aa  259  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  33.17 
 
 
406 aa  259  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  33.08 
 
 
405 aa  256  7e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  32.57 
 
 
405 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  32.58 
 
 
405 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  32.58 
 
 
405 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  33.51 
 
 
396 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  31.99 
 
 
408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  31.79 
 
 
388 aa  192  1e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  30.25 
 
 
410 aa  190  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  29.29 
 
 
396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  28.81 
 
 
400 aa  180  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  28.61 
 
 
383 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  30.37 
 
 
407 aa  169  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.89 
 
 
391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  28.23 
 
 
386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  29.35 
 
 
405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  27.02 
 
 
399 aa  159  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0316  ROK family protein  28.87 
 
 
388 aa  159  1e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  30.39 
 
 
385 aa  158  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  24.94 
 
 
409 aa  157  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  27.04 
 
 
408 aa  155  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  27.78 
 
 
401 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  25.68 
 
 
389 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  30.27 
 
 
399 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  23.71 
 
 
401 aa  151  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  26.69 
 
 
386 aa  149  6e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  26.71 
 
 
410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  25 
 
 
410 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  26.37 
 
 
395 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  26.89 
 
 
390 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  25.2 
 
 
402 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  25.2 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  25.92 
 
 
404 aa  139  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  23.78 
 
 
418 aa  138  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  27.38 
 
 
435 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  26.08 
 
 
398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  25.41 
 
 
428 aa  136  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0018  ROK family protein  32.79 
 
 
321 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  26.14 
 
 
425 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  23.05 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  23.14 
 
 
393 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  26.2 
 
 
390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  26.14 
 
 
425 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  25.13 
 
 
396 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  25.58 
 
 
417 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  23.91 
 
 
404 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  24.94 
 
 
413 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1217  ROK family protein  33.1 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  27.99 
 
 
320 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  23.91 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  25.5 
 
 
401 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>