191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0964 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  447  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  98.03 
 
 		 250 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2897  transcriptional regulator, CadC  41.43 
 
 		 299 aa  68.6  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  27.56 
 
 		 507 aa  67  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 591 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 591 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  33.73 
 
 		 729 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  23.47 
 
 		 518 aa  58.9  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 601 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 601 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 601 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.77 
 
 		 512 aa  58.5  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 262 aa  57  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  32.35 
 
 		 717 aa  57  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0351  toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P  37.31 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  34.09 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.81 
 
 		 512 aa  57  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  32.26 
 
 		 522 aa  56.6  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 523 aa  56.6  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4116  transcriptional regulatory protein  32.11 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000375254 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 541 aa  55.8  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0842  transcriptional regulator, CadC  32.11 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 514 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 514 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  32.43 
 
 		 1124 aa  55.8  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 514 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0868  transcriptional regulator, CadC  32.11 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 514 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2994  transcriptional regulatory protein, C terminal  32.11 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000031675  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3169  transcriptional regulatory protein, C terminal  32.11 
 
 		 269 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  32.26 
 
 		 395 aa  55.5  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  40 
 
 		 658 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  26.19 
 
 		 712 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 711 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 877 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 966 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  32.29 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.94 
 
 		 945 aa  53.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  28.33 
 
 		 725 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  29.47 
 
 		 1102 aa  52.8  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1074 aa  52  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.03 
 
 		 542 aa  52  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.12 
 
 		 715 aa  52  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  36.96 
 
 		 290 aa  52  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  30.43 
 
 		 522 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  23.93 
 
 		 678 aa  51.6  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  32.81 
 
 		 713 aa  51.2  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  32.69 
 
 		 580 aa  51.6  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 714 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0172  response regulator  31.58 
 
 		 237 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00420829  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5331  transcriptional regulator two components regulatory system  30.85 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0274603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  35.87 
 
 		 292 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  35.87 
 
 		 294 aa  50.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 1067 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0132  hypothetical protein  25.36 
 
 		 152 aa  49.7  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  31.52 
 
 		 232 aa  49.3  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  28.26 
 
 		 604 aa  49.3  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 493 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.49 
 
 		 412 aa  48.9  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  24.04 
 
 		 330 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 493 aa  48.5  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 493 aa  48.5  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3334  two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 223 aa  48.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1528  two component transcriptional regulator  32.97 
 
 		 224 aa  48.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2304  two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 234 aa  48.1  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00553057  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.06 
 
 		 724 aa  47.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  31.71 
 
 		 700 aa  48.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  32.14 
 
 		 1092 aa  47.8  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  25 
 
 		 330 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  29.32 
 
 		 693 aa  47  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  26.89 
 
 		 1089 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  29.35 
 
 		 756 aa  47  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  30 
 
 		 518 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  26.89 
 
 		 1089 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 1092 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 1075 aa  46.6  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.34 
 
 		 235 aa  46.6  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.14 
 
 		 1063 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.14 
 
 		 1075 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 1080 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  38.1 
 
 		 282 aa  46.6  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1483  DNA-binding response regulator  32.18 
 
 		 226 aa  46.2  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  38.75 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 948 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1191  transcriptional regulatory protein YedW  30.85 
 
 		 226 aa  45.8  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  34.94 
 
 		 691 aa  45.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  30 
 
 		 502 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 948 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  25.15 
 
 		 716 aa  45.8  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5651  response regulator receiver protein  32.98 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.205762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.34 
 
 		 233 aa  45.8  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.4 
 
 		 323 aa  45.4  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  28.71 
 
 		 1075 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>