More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00408 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00408  sensory transduction protein kinase  100 
 
 
264 aa  546  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3861  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.11 
 
 
499 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.94141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.3 
 
 
659 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.7 
 
 
424 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.93 
 
 
719 aa  93.6  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 
288 aa  93.2  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.53 
 
 
356 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 
659 aa  92.8  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  35.06 
 
 
292 aa  92.8  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  36.59 
 
 
341 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.87 
 
 
659 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  31.53 
 
 
551 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.15 
 
 
1301 aa  90.5  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  34.55 
 
 
951 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  34.71 
 
 
628 aa  90.1  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  32.95 
 
 
1037 aa  89.7  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 
648 aa  89.7  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
614 aa  89.7  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  32.74 
 
 
612 aa  89  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.72 
 
 
867 aa  89  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.16 
 
 
1484 aa  89  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.23 
 
 
935 aa  89  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0740  diguanylate cyclase  36.96 
 
 
706 aa  88.6  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0441478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
520 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.17 
 
 
1353 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  32.19 
 
 
314 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.75 
 
 
935 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.63 
 
 
724 aa  87.8  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  34.72 
 
 
1206 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  35.85 
 
 
400 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  35.67 
 
 
281 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
614 aa  87.4  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  32.78 
 
 
559 aa  86.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6017  PAS:GGDEF  36.31 
 
 
671 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.74 
 
 
730 aa  87  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0392  putative signaling protein  28.74 
 
 
558 aa  87  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  32.32 
 
 
555 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  32.31 
 
 
445 aa  86.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  34.5 
 
 
585 aa  86.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  31.93 
 
 
555 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
411 aa  86.7  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  34.91 
 
 
972 aa  86.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.5 
 
 
972 aa  86.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 
664 aa  86.3  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.04 
 
 
572 aa  86.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000414241  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.43 
 
 
1492 aa  86.3  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144881  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.89 
 
 
557 aa  86.3  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  34.68 
 
 
402 aa  85.9  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  35.03 
 
 
305 aa  85.9  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  29.38 
 
 
418 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.37 
 
 
698 aa  85.9  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.63 
 
 
1251 aa  85.9  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.72 
 
 
1021 aa  85.5  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  33.15 
 
 
504 aa  85.5  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  35.62 
 
 
448 aa  85.5  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  31.41 
 
 
448 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5036  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.43 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  31.72 
 
 
1534 aa  84.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2165  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
333 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000162389  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  31.25 
 
 
847 aa  84.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.13 
 
 
1289 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.7 
 
 
664 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  31.41 
 
 
448 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  29.71 
 
 
459 aa  85.1  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  31.98 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.7 
 
 
664 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  32.89 
 
 
427 aa  85.1  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.98 
 
 
843 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 
555 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.76 
 
 
698 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  33.77 
 
 
381 aa  84  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.7 
 
 
664 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2490  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 
962 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.297128  normal  0.0871585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.79 
 
 
1485 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000165291 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  32.43 
 
 
1491 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  30.96 
 
 
425 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01454  hypothetical protein  37.67 
 
 
665 aa  84  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.97 
 
 
878 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  36.81 
 
 
732 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.76 
 
 
699 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 
612 aa  84  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.5 
 
 
556 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  33.97 
 
 
555 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.64 
 
 
1037 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1526  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
504 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.52 
 
 
643 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 
580 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.52 
 
 
643 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.98 
 
 
836 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
937 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.72 
 
 
715 aa  84  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.97 
 
 
878 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
1487 aa  84  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.293426  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  33.92 
 
 
381 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.44 
 
 
1497 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  31.84 
 
 
358 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  35.71 
 
 
341 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5122  RNase II stability modulator  31.28 
 
 
667 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0232161 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.24 
 
 
1481 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.31 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>