More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3264 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  100 
 
 		 293 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  72.51 
 
 		 293 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  55.52 
 
 		 293 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  52.4 
 
 		 296 aa  344  8e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  52.05 
 
 		 296 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  52.05 
 
 		 296 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  52.05 
 
 		 296 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  54.58 
 
 		 295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  52.07 
 
 		 296 aa  338  5e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  51.72 
 
 		 296 aa  338  7e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  52.07 
 
 		 296 aa  338  9e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  51.03 
 
 		 296 aa  333  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  50 
 
 		 303 aa  324  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  53.79 
 
 		 292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  48.29 
 
 		 294 aa  315  5e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  46.21 
 
 		 293 aa  310  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  33.11 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  31.4 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  32.44 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 291 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 555 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 464 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 308 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.91 
 
 		 353 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 432 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  39.02 
 
 		 836 aa  122  9e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.02 
 
 		 841 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  28.97 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  28.97 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 335 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 432 aa  119  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  35.11 
 
 		 325 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 508 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  37.2 
 
 		 792 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.65 
 
 		 826 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 601 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.99 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 473 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  36 
 
 		 427 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 483 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 736 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 775 aa  116  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 937 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 722 aa  116  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 717 aa  115  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  36.93 
 
 		 1086 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 801 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 462 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 		 489 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 696 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 539 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 641 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 634 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 753 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 		 712 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 263 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 471 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35 
 
 		 340 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.63 
 
 		 1054 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 937 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  33.33 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 494 aa  113  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.99 
 
 		 714 aa  112  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 		 686 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 937 aa  112  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.61 
 
 		 709 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.56 
 
 		 1508 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 366 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.87 
 
 		 418 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.8 
 
 		 580 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 937 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  37.95 
 
 		 1515 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.56 
 
 		 1508 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 464 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 		 1466 aa  112  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.56 
 
 		 1508 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.56 
 
 		 1508 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.71 
 
 		 1511 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  35.23 
 
 		 1075 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.95 
 
 		 466 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.26 
 
 		 772 aa  111  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.69 
 
 		 501 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 427 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 		 496 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.06 
 
 		 693 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 671 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 482 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 482 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.95 
 
 		 1504 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0337  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.29 
 
 		 490 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.622356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 583 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.7 
 
 		 1073 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 357 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 376 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>