More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2363 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2363  hypothetical protein  100 
 
 		 344 aa  703    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000181348  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2022  TPR repeat-containing protein  55.36 
 
 		 351 aa  371  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.372668  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002652  Flp pilus assembly protein TadD  33.44 
 
 		 337 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1501  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 		 629 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.961258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.4 
 
 		 3145 aa  87.8  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1755  Flp pilus assembly protein TadD  29.49 
 
 		 321 aa  87  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1106  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 		 371 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  24.89 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.48 
 
 		 1056 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2735  TPR repeat-containing protein  26.96 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  24.29 
 
 		 878 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.58 
 
 		 810 aa  74.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3963  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.187703 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  27.94 
 
 		 681 aa  75.1  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3012  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.45 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.64 
 
 		 1022 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.75 
 
 		 1056 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.27 
 
 		 632 aa  73.2  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  24.03 
 
 		 3172 aa  72  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  27.78 
 
 		 733 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  24.03 
 
 		 3301 aa  71.6  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.25 
 
 		 988 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2910  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.07 
 
 		 257 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0603977  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2822  TPR repeat-containing protein  28.07 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  27.04 
 
 		 718 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 		 927 aa  67.4  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.63 
 
 		 818 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  29.14 
 
 		 392 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  24.65 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  26.09 
 
 		 1154 aa  64.3  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  25.2 
 
 		 708 aa  63.2  0.000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.99 
 
 		 784 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2947  tetratricopeptide TPR_2  26.74 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.708581 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2366  TPR repeat-containing protein  27.62 
 
 		 479 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.062914  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3977  TPR repeat-containing protein  35.63 
 
 		 716 aa  60.8  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  27.54 
 
 		 827 aa  60.8  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0276  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.4 
 
 		 624 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.66 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.040769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1518  TPR repeat-containing protein  24.24 
 
 		 375 aa  60.5  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.946116  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 		 847 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.06 
 
 		 2240 aa  59.7  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  21.86 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3303  tetratricopeptide domain-containing protein  24.61 
 
 		 1098 aa  58.9  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3772  O-linked GlcNAc transferase  22.55 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0290  hypothetical protein  31.78 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.422068  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 808 aa  58.9  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  31.82 
 
 		 585 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4206  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.06 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3665  TPR repeat-containing protein  23.28 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00516372  normal  0.53352 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2688  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.17 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5686  TPR domain-containing protein  29.19 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 		 685 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  25.57 
 
 		 583 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 612 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  25.24 
 
 		 750 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2414  TPR repeat-containing protein  30.66 
 
 		 589 aa  57  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 		 3560 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2708  tetratricopeptide TPR_2  24.71 
 
 		 979 aa  57  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.169437 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  24.1 
 
 		 622 aa  56.2  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46573  TPR repeat-contain kinesin light chain  23.67 
 
 		 694 aa  56.2  0.0000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7038  hypothetical protein  26.24 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0287  TPR repeat-containing protein  34.57 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.37702  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2807  tetratricopeptide TPR_2  24.32 
 
 		 576 aa  56.2  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0604  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  24.56 
 
 		 878 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0689  TPR repeat-containing protein  24.39 
 
 		 632 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000734837  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  24.44 
 
 		 614 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  24.29 
 
 		 725 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  24.44 
 
 		 626 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  26.23 
 
 		 1676 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.36 
 
 		 784 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1702  TPR repeat-containing protein  32.81 
 
 		 226 aa  55.5  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1778  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 269 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822909  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 		 505 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  26.48 
 
 		 816 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3526  tetratricopeptide TPR_2  30 
 
 		 281 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.476305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  22.26 
 
 		 1737 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  25.28 
 
 		 543 aa  55.1  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2198  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 		 209 aa  54.7  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  24.5 
 
 		 615 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0957  TPR repeat-containing protein  34.15 
 
 		 161 aa  54.7  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000843973  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3115  TPR repeat-containing protein  23.6 
 
 		 284 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000023055  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2419  TPR repeat-containing protein  21.52 
 
 		 792 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0484292  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  23.29 
 
 		 626 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  22.55 
 
 		 750 aa  55.1  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3268  TPR repeat-containing protein  28.87 
 
 		 441 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 637 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2853  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.87 
 
 		 441 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0260503 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1653  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.71 
 
 		 758 aa  54.7  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  25.86 
 
 		 875 aa  54.3  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0003  TPR repeat-containing protein  24.66 
 
 		 466 aa  54.3  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  22.62 
 
 		 409 aa  53.9  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  22.98 
 
 		 620 aa  53.9  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3116  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.73 
 
 		 878 aa  53.9  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  26.07 
 
 		 587 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 		 681 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  23.69 
 
 		 764 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0163  TPR repeat-containing protein  24.8 
 
 		 356 aa  53.5  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00233758  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  23.93 
 
 		 2145 aa  53.5  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2801  TPR repeat-containing protein  22.71 
 
 		 291 aa  53.5  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>