148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6159 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  50.76 
 
 		 797 aa  801    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  100 
 
 		 789 aa  1622    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  81.5 
 
 		 789 aa  1357    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  40.2 
 
 		 793 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  40.18 
 
 		 796 aa  600  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  41.49 
 
 		 788 aa  598  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  40.26 
 
 		 790 aa  595  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  41.06 
 
 		 805 aa  588  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.33 
 
 		 785 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  34.73 
 
 		 835 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  33.72 
 
 		 830 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  33.72 
 
 		 822 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.42 
 
 		 826 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.42 
 
 		 826 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.83 
 
 		 803 aa  411  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.87 
 
 		 815 aa  409  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.16 
 
 		 826 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.38 
 
 		 805 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  31.82 
 
 		 829 aa  405  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  33.42 
 
 		 823 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.8 
 
 		 822 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.13 
 
 		 819 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  32.57 
 
 		 821 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.42 
 
 		 830 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  31.27 
 
 		 831 aa  383  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  32.2 
 
 		 800 aa  383  1e-105  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.04 
 
 		 804 aa  385  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  32.45 
 
 		 800 aa  380  1e-104  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  31.27 
 
 		 831 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.62 
 
 		 816 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  32.31 
 
 		 819 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  31.69 
 
 		 803 aa  370  1e-101  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  30.65 
 
 		 839 aa  359  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  30.26 
 
 		 801 aa  357  6.999999999999999e-97  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  27.39 
 
 		 915 aa  311  4e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  27.52 
 
 		 876 aa  297  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  27.37 
 
 		 826 aa  297  6e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  27.48 
 
 		 826 aa  296  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  27.83 
 
 		 915 aa  293  9e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  28.03 
 
 		 916 aa  280  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  29.55 
 
 		 804 aa  276  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  24.82 
 
 		 924 aa  266  1e-69  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  24.42 
 
 		 922 aa  258  3e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  30.34 
 
 		 561 aa  237  5.0000000000000005e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  25.3 
 
 		 792 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.16 
 
 		 849 aa  228  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  25.16 
 
 		 752 aa  216  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  25.58 
 
 		 791 aa  182  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  21.47 
 
 		 788 aa  181  4e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7534  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.44 
 
 		 857 aa  181  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339872  normal  0.0463504 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  27.61 
 
 		 791 aa  178  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.2 
 
 		 787 aa  178  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  26.6 
 
 		 819 aa  157  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  25.52 
 
 		 817 aa  154  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  25.35 
 
 		 816 aa  147  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  24.08 
 
 		 817 aa  145  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  24.42 
 
 		 817 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0030  conjugal transfer protein  21.26 
 
 		 841 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  24.97 
 
 		 816 aa  142  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  24.48 
 
 		 819 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.84 
 
 		 823 aa  140  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  25.06 
 
 		 823 aa  138  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  24.55 
 
 		 816 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.77 
 
 		 846 aa  136  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  23.85 
 
 		 809 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  25.74 
 
 		 829 aa  135  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  23.86 
 
 		 817 aa  135  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.1 
 
 		 827 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  23.37 
 
 		 820 aa  134  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  25.78 
 
 		 813 aa  134  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  24.9 
 
 		 808 aa  134  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  24.91 
 
 		 821 aa  132  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  24.26 
 
 		 816 aa  132  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  24.76 
 
 		 815 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  25.4 
 
 		 687 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.2 
 
 		 843 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  25.32 
 
 		 825 aa  132  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  25.14 
 
 		 816 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  25.77 
 
 		 813 aa  131  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  23.98 
 
 		 811 aa  130  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1041  type IV secretion system protein VirB4  18.99 
 
 		 791 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  26.02 
 
 		 812 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  24.19 
 
 		 819 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  25.55 
 
 		 814 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  23.43 
 
 		 817 aa  129  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  24.07 
 
 		 816 aa  128  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  27.02 
 
 		 840 aa  128  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  26.84 
 
 		 808 aa  128  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  27.02 
 
 		 840 aa  128  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.97 
 
 		 850 aa  127  8.000000000000001e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.35 
 
 		 831 aa  127  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  23.56 
 
 		 817 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  26.68 
 
 		 840 aa  126  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.02 
 
 		 821 aa  125  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 814 aa  125  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  25.09 
 
 		 820 aa  125  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  23.66 
 
 		 822 aa  124  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0839  type IV secretion system protein VirB5  18.19 
 
 		 791 aa  123  9.999999999999999e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0234971  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.32 
 
 		 812 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  24.26 
 
 		 824 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>