More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4558 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4558  ROK family protein  100 
 
 		 409 aa  816    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.864466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3120  ROK family protein  67.91 
 
 		 401 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3392  ROK family protein  67.41 
 
 		 401 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.294989 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  36.91 
 
 		 400 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  37.62 
 
 		 400 aa  226  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  36.3 
 
 		 391 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  34.7 
 
 		 417 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5303  transcriptional regulator ROK family  32.58 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  34.45 
 
 		 389 aa  180  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  31.55 
 
 		 417 aa  169  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  37.6 
 
 		 417 aa  163  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  37.6 
 
 		 417 aa  159  7e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0149  ROK family protein  30.65 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.421428 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7454  transcriptional regulator ROK family  30.2 
 
 		 421 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0991  ROK family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.819596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2651  ROK family protein  32.09 
 
 		 407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0665  ROK family protein  30.59 
 
 		 376 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3207  hypothetical protein  31.39 
 
 		 414 aa  141  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0193804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0536  ROK family protein  31.2 
 
 		 410 aa  141  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1372  ROK  29.71 
 
 		 398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.436863  normal  0.250954 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0233  ROK family protein  31.36 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4501  ROK  30.77 
 
 		 376 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3595  ROK family protein  34.16 
 
 		 416 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.227419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0101  ROK family protein  28.72 
 
 		 409 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00205324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0891  ROK  34.52 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4578  ROK family protein  34.52 
 
 		 408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.104261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1899  ROK  28.92 
 
 		 409 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2607  ROK family protein  31.25 
 
 		 404 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0367  ROK domain-containing protein  28.46 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  29.24 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0068  ROK family protein  28.78 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.657288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  28.68 
 
 		 406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  28.5 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
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NC_009720  Xaut_2418  ROK family protein  29.25 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149199  normal  0.233455 
 
 
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NC_010338  Caul_2135  ROK family protein  31.88 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335233  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1594  ROK family protein  34.69 
 
 		 754 aa  126  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.630242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2225  ROK family protein  36.86 
 
 		 422 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2182  transcriptional regulator ROK family  28.57 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1654  ROK  30.86 
 
 		 420 aa  124  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431815  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  34.76 
 
 		 429 aa  123  6e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2352  ROK family protein  30.18 
 
 		 383 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.305071  normal  0.103428 
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0287  transcription regulator ROK family protein  30.1 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3351  ROK family protein  28.68 
 
 		 407 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0125  ROK family protein  28.53 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007435  BURPS1710b_A1656  ROK family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 416 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0198  ROK family protein  31.28 
 
 		 416 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_0124  ROK family protein  28.41 
 
 		 415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.565594 
 
 
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NC_012912  Dd1591_4127  ROK family protein  30.12 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007650  BTH_II0212  transcription regulator ROK family protein  29.75 
 
 		 416 aa  119  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_2150  ROK family protein  30.4 
 
 		 395 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00665  transcriptional regulator, ROK family protein  28.46 
 
 		 390 aa  116  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_1108  ROK family protein  35.17 
 
 		 382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.231439  normal  1 
 
 
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NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  38.76 
 
 		 390 aa  113  7.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
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NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  28.93 
 
 		 386 aa  112  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012852  Rleg_6013  ROK family protein  27.01 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.627937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1426  ROK family protein  33.06 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155028  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2864  ROK family protein  28.93 
 
 		 411 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1757  ROK family protein  25.35 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1710  ROK family protein  29.43 
 
 		 416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.965382  normal  0.0458779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03328  ROK family protein  29.49 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1183  ROK family protein  30 
 
 		 399 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4684  ROK family protein  32.28 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00733962  normal  0.0776986 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7333  transcriptional regulator ROK family  31.18 
 
 		 412 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.777394  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1466  ROK family protein  32.79 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5972  transcriptional regulator ROK family  31.85 
 
 		 409 aa  111  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.248958  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1064  ROK domain-containing protein  32.28 
 
 		 415 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.561211  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1544  ROK family protein  32.28 
 
 		 415 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0384623  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  25.62 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1520  ROK family protein  31.89 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0198401  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  27.38 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  27.38 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  29.71 
 
 		 420 aa  106  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  28.5 
 
 		 396 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  31.05 
 
 		 422 aa  106  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0506  ROK family protein  29.38 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2090  ROK family protein  27.18 
 
 		 374 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01930  transcriptional regulator/sugar kinase  26.37 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  25.3 
 
 		 400 aa  103  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  23.43 
 
 		 408 aa  103  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  27.66 
 
 		 398 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4692  ROK family protein  29.51 
 
 		 412 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.476494 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  28.82 
 
 		 414 aa  103  7e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4719  ROK family protein  28.35 
 
 		 412 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  36.4 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17010  transcriptional regulator/sugar kinase  29.01 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00455461  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  26.63 
 
 		 408 aa  101  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1870  ROK family protein  27.74 
 
 		 375 aa  101  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  31.44 
 
 		 416 aa  100  6e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  24.68 
 
 		 404 aa  99.8  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  27.88 
 
 		 397 aa  99.4  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  29.36 
 
 		 401 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
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NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  35.91 
 
 		 383 aa  97.8  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  31.35 
 
 		 396 aa  96.7  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
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NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  29.02 
 
 		 417 aa  96.3  9e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  34.36 
 
 		 404 aa  95.1  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013172  Bfae_08010  transcriptional regulator/sugar kinase  32.08 
 
 		 368 aa  95.5  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.440764  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  32.78 
 
 		 428 aa  95.5  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4825  ROK family protein  30.34 
 
 		 417 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  24.81 
 
 		 399 aa  95.5  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  28.53 
 
 		 393 aa  94.7  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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