121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2397 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2397  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1288  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 211 aa  228  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0005  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 218 aa  88.2  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0576727  normal  0.763846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1159  regulatory protein, TetR  27.52 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1035  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.168916  normal  0.097412 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3914  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.201642  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1845  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.025211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  38.33 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1769  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1323  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0118  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 222 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3518  regulatory protein, TetR  37.29 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640434  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3613  regulatory protein, TetR  24.55 
 
 		 243 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0108  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 222 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1606  TetR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 225 aa  48.5  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.912424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0544  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 222 aa  48.5  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000992558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3856  transcriptional regulator, TetR family  27.45 
 
 		 199 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3298  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0540  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 247 aa  47  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000321251  hitchhiker  0.0000104132 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2937  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0118  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.980303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0117  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0132  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2477  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2156  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.362049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3795  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.277058  hitchhiker  0.000257317 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0291  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 196 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3058  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 204 aa  46.2  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000151008  decreased coverage  0.0000000705144 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1942  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 253 aa  46.2  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.338038  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  25.4 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 259 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 259 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3194  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 188 aa  45.8  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 259 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2762  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 223 aa  45.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 215 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 215 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 215 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 218 aa  45.1  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1669  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 225 aa  45.1  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413702  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3892  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 198 aa  45.1  0.0009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3966  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 198 aa  45.1  0.0009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.497396 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3878  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 198 aa  45.1  0.0009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0736  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0116381  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5271  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 223 aa  44.3  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1179  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 290 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669252  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  38.78 
 
 		 193 aa  44.3  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  30.84 
 
 		 194 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2337  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0591  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 226 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 185 aa  44.3  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  45.24 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 248 aa  43.5  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1970  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 179 aa  43.9  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000170577  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  40.48 
 
 		 317 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3666  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 257 aa  44.3  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  44.3  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1007  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 194 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.587433  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1770  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 203 aa  43.9  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2656  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478919  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2788  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 203 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000644753  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1567  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 261 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2108  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 207 aa  43.5  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  43.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  44.9 
 
 		 299 aa  43.1  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3010  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.84 
 
 		 197 aa  43.5  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5345  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.745934  normal  0.0675507 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3541  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3253  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 194 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0516477  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2135  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 179 aa  42.7  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000090207  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3297  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 232 aa  42.7  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13864  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 209 aa  42.7  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0503  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 376 aa  42.7  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0736  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 219 aa  42.7  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0112088  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  37.5 
 
 		 200 aa  42.4  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3405  TetR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 207 aa  42.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751749 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 215 aa  42.4  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  42.7  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3073  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 198 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 208 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3535  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.926686  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 214 aa  42.4  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  42.4  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4604  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 214 aa  42.4  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 205 aa  42.4  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2524  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 203 aa  42  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000581245  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3816  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 231 aa  42  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2304  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 225 aa  42  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  31.48 
 
 		 213 aa  42.4  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>