More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3210 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  56.06 
 
 		 625 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  57.34 
 
 		 625 aa  669    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  56.4 
 
 		 610 aa  638    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 624 aa  1269    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  55.94 
 
 		 628 aa  673    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  55.78 
 
 		 628 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  58.63 
 
 		 624 aa  677    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  55.17 
 
 		 641 aa  637    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  57 
 
 		 628 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  56.75 
 
 		 625 aa  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  56.59 
 
 		 625 aa  679    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  56.26 
 
 		 621 aa  670    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  55.14 
 
 		 641 aa  652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  55.82 
 
 		 622 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  52.68 
 
 		 631 aa  630  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  51.24 
 
 		 621 aa  602  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 631 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 630 aa  322  9.999999999999999e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  34.96 
 
 		 628 aa  310  5e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  33.1 
 
 		 588 aa  279  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 565 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 638 aa  273  7e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 629 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 611 aa  220  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 612 aa  206  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 614 aa  205  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  46.7 
 
 		 268 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 601 aa  170  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 623 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.01 
 
 		 570 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 591 aa  165  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 341 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.03 
 
 		 352 aa  161  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 547 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 340 aa  160  7e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.37 
 
 		 322 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  48.07 
 
 		 501 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 410 aa  159  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  48.57 
 
 		 367 aa  158  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  24.78 
 
 		 578 aa  157  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.67 
 
 		 344 aa  157  7e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 452 aa  157  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 469 aa  155  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 313 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 566 aa  155  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 452 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 462 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 327 aa  154  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 		 629 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 542 aa  154  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 732 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  29.86 
 
 		 673 aa  154  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 462 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  43.43 
 
 		 502 aa  153  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 452 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 732 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 353 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  43.43 
 
 		 509 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 481 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 339 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 346 aa  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 481 aa  152  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 452 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 452 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 453 aa  150  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  40.08 
 
 		 347 aa  150  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  44.91 
 
 		 234 aa  150  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.19 
 
 		 536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.09 
 
 		 483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 301 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.57 
 
 		 960 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40 
 
 		 559 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.38 
 
 		 853 aa  148  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 322 aa  148  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 322 aa  148  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 487 aa  147  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 351 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  43.01 
 
 		 494 aa  147  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 533 aa  147  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 		 579 aa  147  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 460 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 518 aa  147  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 		 802 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  45.09 
 
 		 488 aa  147  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 334 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 316 aa  147  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 310 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 308 aa  146  9e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 638 aa  146  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 466 aa  146  9e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 308 aa  146  9e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  39.24 
 
 		 327 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 307 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 340 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 553 aa  146  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 340 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>