More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1309 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1007 aa  2061    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  53.26 
 
 		 1015 aa  1035    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  90.96 
 
 		 1007 aa  1855    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  90.96 
 
 		 1007 aa  1854    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  91.16 
 
 		 1007 aa  1857    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0679  putative TonB-dependent receptor  55.57 
 
 		 1009 aa  1038    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 951 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 957 aa  364  4e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 944 aa  360  5e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 947 aa  351  4e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 946 aa  349  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 966 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 951 aa  335  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 938 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 935 aa  323  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 939 aa  317  6e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 969 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 940 aa  310  6.999999999999999e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 933 aa  298  4e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 930 aa  297  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 930 aa  297  6e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 930 aa  296  9e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 937 aa  295  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 952 aa  292  2e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 935 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 935 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 935 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 869 aa  288  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 966 aa  287  5.999999999999999e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 967 aa  286  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 964 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 965 aa  282  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 981 aa  280  8e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  27.03 
 
 		 966 aa  277  6e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 1020 aa  276  1.0000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  27.45 
 
 		 936 aa  273  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 897 aa  272  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 976 aa  271  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 982 aa  268  2.9999999999999995e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 935 aa  266  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 907 aa  266  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 1028 aa  264  4.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  27.83 
 
 		 929 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 953 aa  263  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 904 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 944 aa  261  4e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 998 aa  261  6e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 904 aa  260  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 966 aa  258  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 975 aa  258  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.89 
 
 		 969 aa  258  4e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 1040 aa  258  4e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 1088 aa  256  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 904 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 904 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  26.19 
 
 		 914 aa  256  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  26.25 
 
 		 974 aa  255  3e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 901 aa  254  6e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 987 aa  253  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 976 aa  252  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  28.81 
 
 		 961 aa  252  3e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 873 aa  251  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 924 aa  251  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 922 aa  248  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 873 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 948 aa  243  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 912 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 843 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  25.88 
 
 		 985 aa  236  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3783  TonB-dependent receptor plug  27.57 
 
 		 987 aa  234  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272324 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 981 aa  231  5e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 836 aa  231  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 841 aa  231  8e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 907 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2400  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 1004 aa  229  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.204664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  25.82 
 
 		 839 aa  229  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 855 aa  228  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 855 aa  227  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2073  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 1000 aa  225  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168139  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  25.72 
 
 		 853 aa  225  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2508  TonB-dependent receptor, plug  27.55 
 
 		 1015 aa  222  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.636231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 853 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 914 aa  219  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 842 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  26.14 
 
 		 853 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  26.14 
 
 		 853 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  26.04 
 
 		 853 aa  214  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 824 aa  213  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2026  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 1068 aa  211  6e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00076043  normal  0.701552 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 838 aa  206  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 920 aa  205  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 958 aa  204  7e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 956 aa  202  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 958 aa  202  3e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  25.73 
 
 		 896 aa  201  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  26.35 
 
 		 893 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 890 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 890 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 890 aa  195  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  25.37 
 
 		 895 aa  194  7e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>