More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2885 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  90.96 
 
 		 1007 aa  1854    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1007 aa  2063    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  53.53 
 
 		 1015 aa  1046    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  99.8 
 
 		 1007 aa  2060    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  94.94 
 
 		 1007 aa  1941    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0679  putative TonB-dependent receptor  55.23 
 
 		 1009 aa  1043    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 951 aa  369  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 944 aa  364  6e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 946 aa  354  5e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 951 aa  348  3e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 947 aa  346  1e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 957 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 966 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 938 aa  331  5.0000000000000004e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 935 aa  330  8e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 939 aa  314  3.9999999999999997e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 969 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 967 aa  304  5.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 966 aa  299  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 933 aa  300  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 937 aa  300  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 940 aa  296  9e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 930 aa  290  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 930 aa  290  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 930 aa  290  1e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 920 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 965 aa  287  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 935 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 935 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 869 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 935 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 964 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 981 aa  285  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  27.07 
 
 		 966 aa  283  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 952 aa  283  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 953 aa  276  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 1020 aa  274  6e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  28.08 
 
 		 936 aa  273  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 976 aa  270  8e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 907 aa  270  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 966 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  28.34 
 
 		 929 aa  265  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 976 aa  262  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 935 aa  260  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 982 aa  259  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 897 aa  258  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.71 
 
 		 969 aa  257  7e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 1088 aa  257  8e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 998 aa  256  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  26.53 
 
 		 914 aa  256  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 975 aa  254  5.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  26.44 
 
 		 974 aa  252  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 1040 aa  252  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  26.46 
 
 		 961 aa  251  4e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 904 aa  251  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 944 aa  250  7e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 904 aa  250  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 987 aa  248  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 901 aa  247  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 873 aa  245  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 873 aa  243  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  26.43 
 
 		 985 aa  242  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 924 aa  239  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 948 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3783  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 		 987 aa  234  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272324 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 843 aa  233  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 910 aa  231  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2400  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 1004 aa  230  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.204664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2073  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 1000 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168139  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.73 
 
 		 839 aa  228  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 836 aa  227  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 907 aa  226  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 841 aa  225  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 981 aa  224  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 855 aa  224  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  25.03 
 
 		 853 aa  224  9e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 855 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 853 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  25.44 
 
 		 853 aa  220  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  25.44 
 
 		 853 aa  220  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 912 aa  218  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  25.33 
 
 		 853 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 958 aa  217  7e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 958 aa  217  8e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 842 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 838 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 914 aa  214  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  25.43 
 
 		 896 aa  209  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  25.71 
 
 		 893 aa  206  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 		 895 aa  206  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 824 aa  205  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 852 aa  204  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2026  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 1068 aa  202  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00076043  normal  0.701552 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 890 aa  197  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 890 aa  196  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 890 aa  195  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 855 aa  194  6e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 956 aa  192  2.9999999999999997e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 861 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 861 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>