More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4165 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  56.89 
 
 		 966 aa  1110    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 947 aa  1925    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  57.16 
 
 		 951 aa  1119    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  63.9 
 
 		 946 aa  1269    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  56.89 
 
 		 957 aa  1108    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  35.75 
 
 		 944 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 951 aa  479  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 967 aa  468  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 969 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1228  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 		 1057 aa  424  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0919786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 824 aa  376  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 940 aa  372  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 935 aa  372  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 1028 aa  366  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 869 aa  365  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 		 1015 aa  362  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 		 920 aa  362  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 922 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 939 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 1007 aa  357  5.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 938 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 1007 aa  351  3e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 1007 aa  351  4e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  29.8 
 
 		 1007 aa  347  5e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 966 aa  341  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 873 aa  336  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 873 aa  335  3e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 935 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 976 aa  332  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  29.99 
 
 		 966 aa  332  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 935 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 935 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  30.7 
 
 		 937 aa  328  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 965 aa  325  3e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  30.36 
 
 		 936 aa  323  6e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0679  putative TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 1009 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  30.44 
 
 		 981 aa  320  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  30.5 
 
 		 966 aa  320  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 933 aa  320  1e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 897 aa  319  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 930 aa  318  4e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 930 aa  318  4e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.12 
 
 		 969 aa  317  7e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 930 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 		 924 aa  310  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 907 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  28.38 
 
 		 929 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 948 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1752  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 1041 aa  307  6e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0957088  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1677  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 1041 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 964 aa  302  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 907 aa  301  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  30.55 
 
 		 935 aa  301  5e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 953 aa  297  5e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 1088 aa  296  9e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 976 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 904 aa  288  5e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 904 aa  287  7e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  27.84 
 
 		 961 aa  284  4.0000000000000003e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 904 aa  283  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 981 aa  281  4e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  27.93 
 
 		 914 aa  281  5e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 901 aa  280  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2073  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 1000 aa  280  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168139  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  28.85 
 
 		 839 aa  280  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 904 aa  279  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 855 aa  279  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 843 aa  278  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 855 aa  278  4e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 836 aa  277  6e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 912 aa  274  6e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 838 aa  273  9e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 952 aa  273  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 841 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 975 aa  271  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 914 aa  269  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 998 aa  268  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  27.76 
 
 		 853 aa  266  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0591  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 1032 aa  260  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3783  TonB-dependent receptor plug  27.52 
 
 		 987 aa  260  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272324 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 987 aa  256  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 982 aa  253  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 1020 aa  248  4e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  27.18 
 
 		 974 aa  247  6.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2400  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 1004 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.204664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  26.13 
 
 		 899 aa  244  7.999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  26.11 
 
 		 895 aa  238  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 924 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 924 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 924 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 944 aa  233  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  27.13 
 
 		 884 aa  232  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  26.4 
 
 		 985 aa  230  8e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 883 aa  230  8e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 883 aa  230  8e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 883 aa  229  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  25.13 
 
 		 896 aa  227  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 958 aa  226  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 958 aa  227  1e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 852 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>