More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2471 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  77.11 
 
 		 966 aa  1551    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  56.89 
 
 		 947 aa  1098    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  69.54 
 
 		 951 aa  1381    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 957 aa  1952    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  55.58 
 
 		 946 aa  1081    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  36.51 
 
 		 967 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  36.25 
 
 		 944 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  36.11 
 
 		 969 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 951 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1228  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 1057 aa  434  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0919786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 824 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  33.17 
 
 		 1028 aa  412  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 966 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 869 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 940 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 		 965 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 922 aa  379  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  31.67 
 
 		 935 aa  374  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 981 aa  371  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  31.37 
 
 		 966 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 938 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 1015 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 873 aa  360  8e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 937 aa  360  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 873 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 1007 aa  357  5.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 		 930 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 		 930 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  30.8 
 
 		 930 aa  353  8e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 939 aa  353  8e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 935 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 935 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 935 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  30.44 
 
 		 936 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 966 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0679  putative TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 1009 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 920 aa  335  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 1007 aa  334  4e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 1007 aa  334  4e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  29.27 
 
 		 929 aa  334  5e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  29.2 
 
 		 1007 aa  332  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 933 aa  327  7e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 953 aa  326  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 948 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 907 aa  317  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 976 aa  316  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 924 aa  311  5.9999999999999995e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 907 aa  308  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 843 aa  307  6e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  28.61 
 
 		 961 aa  307  6e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 952 aa  307  6e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 914 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 904 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 897 aa  305  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 904 aa  305  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 		 904 aa  304  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 855 aa  303  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 841 aa  303  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 904 aa  300  7e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 935 aa  297  7e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.55 
 
 		 969 aa  296  9e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 855 aa  296  1e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  29.11 
 
 		 839 aa  295  3e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 976 aa  295  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 842 aa  294  5e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 981 aa  293  1e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 1040 aa  293  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 964 aa  291  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 853 aa  286  9e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1752  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 1041 aa  285  3.0000000000000004e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0957088  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  29.24 
 
 		 853 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 901 aa  285  4.0000000000000003e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 987 aa  283  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 912 aa  283  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1677  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 1041 aa  282  2e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 975 aa  281  4e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 838 aa  281  6e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2073  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 1000 aa  278  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168139  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 982 aa  273  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 836 aa  270  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  27.54 
 
 		 853 aa  270  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  27.54 
 
 		 853 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  27.54 
 
 		 853 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 944 aa  267  7e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 910 aa  266  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 998 aa  265  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 1020 aa  259  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 924 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 924 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 1088 aa  255  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 924 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0591  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 1032 aa  254  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880997  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 891 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 		 985 aa  253  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  27.18 
 
 		 974 aa  253  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  27.47 
 
 		 893 aa  251  6e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 817 aa  250  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  25.69 
 
 		 914 aa  250  8e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2508  TonB-dependent receptor, plug  26.26 
 
 		 1015 aa  249  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.636231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  27.21 
 
 		 899 aa  248  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>