More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0158 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
387 aa  791    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  97.93 
 
 
387 aa  728    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  58.01 
 
 
388 aa  472  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  61.56 
 
 
382 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.25 
 
 
382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  61.29 
 
 
411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.48 
 
 
388 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.95 
 
 
410 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  59.12 
 
 
382 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 
379 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  59.05 
 
 
383 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 
382 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  59.36 
 
 
397 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  58.27 
 
 
385 aa  455  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  56.02 
 
 
385 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  57.07 
 
 
385 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  57.14 
 
 
382 aa  450  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.81 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
473 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
473 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  58.43 
 
 
382 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
473 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
473 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.07 
 
 
473 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  57.26 
 
 
383 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  55.15 
 
 
386 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  54.81 
 
 
386 aa  444  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  54.18 
 
 
379 aa  436  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.03 
 
 
386 aa  434  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 
382 aa  432  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  56.42 
 
 
381 aa  429  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 
385 aa  421  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.06 
 
 
389 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.78 
 
 
389 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  52.57 
 
 
390 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  51.21 
 
 
389 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  50.28 
 
 
389 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  54.06 
 
 
385 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  50 
 
 
389 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.69 
 
 
389 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  48.88 
 
 
382 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.18 
 
 
382 aa  359  5e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50 
 
 
395 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  49.04 
 
 
379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.65 
 
 
385 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.1 
 
 
385 aa  341  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 
385 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  50.84 
 
 
385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.84 
 
 
391 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.84 
 
 
394 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.84 
 
 
394 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  44.39 
 
 
383 aa  326  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45.33 
 
 
381 aa  324  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  43.85 
 
 
383 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  45.53 
 
 
377 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  44.82 
 
 
397 aa  316  4e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 
377 aa  316  5e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  43.17 
 
 
377 aa  311  1e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  41.35 
 
 
380 aa  306  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  46.37 
 
 
397 aa  306  4.0000000000000004e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.74 
 
 
381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  42.08 
 
 
377 aa  298  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  43.65 
 
 
377 aa  296  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  42.33 
 
 
379 aa  293  5e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
388 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  38.79 
 
 
381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  40.78 
 
 
385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  42.3 
 
 
381 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  38.74 
 
 
381 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.55 
 
 
379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.73 
 
 
384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 
384 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  40.65 
 
 
387 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  42.38 
 
 
381 aa  273  6e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  41.15 
 
 
385 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  40.81 
 
 
385 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.21 
 
 
378 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  39.02 
 
 
388 aa  259  6e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.59 
 
 
378 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 
392 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 
399 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
379 aa  192  9e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
385 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
379 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
394 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
393 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
379 aa  187  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
394 aa  186  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
379 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
379 aa  180  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
382 aa  179  9e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
389 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
379 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>