207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3085 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0559  TetR family transcriptional regulator  51.44 
 
 		 215 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0585  TetR family transcriptional regulator  51.44 
 
 		 215 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0181  TetR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0664  TetR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0631  TetR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 215 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3750  TetR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 215 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  44.34 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2719  TetR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  29.49 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  36.89 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  29.22 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 229 aa  62  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 244 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 259 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  28.64 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 271 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  31.3 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  29.87 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 259 aa  57  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3202  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3152  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 200 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 263 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  25.74 
 
 		 236 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 250 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 249 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 258 aa  52.4  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  24.47 
 
 		 268 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0040  transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 195 aa  52.4  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 272 aa  52  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0832  Tetracyclin repressor domain protein  28.91 
 
 		 204 aa  52  0.000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 211 aa  51.6  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 218 aa  51.6  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 261 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  25.7 
 
 		 226 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 185 aa  51.6  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 230 aa  51.6  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  26.71 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  25.74 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 218 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  25.74 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  25.74 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>